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[CP2K] cp2k aimd报错 Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ?

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本帖最后由 mercer 于 2023-11-3 01:18 编辑

出现这个报错后任务直接停止了。cp2k版本2023.1,是在本机编译,不是移植。计算是调用的48核amd cpu,内存256。multiwfn产生的inp,只改了几个print,DIIS算法 3000k 216si原子的恒温CSVR,timecon100,步长是1fs。初始结构是materials project的单晶si扩胞成216原子的,目的是生成非晶的。结果出现这个报错,大概跑了2800步出现的报错。在报错之前体系能量温度均没有出现波动,每步耗时也没有出现巨幅增加的情况。续跑了五百步再次出现这个报错。查阅runlog发现只有这一个warning,WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converged。我在Googlegroup并没有找到这个warning的相关信息,前面的matrix报错的信息有就是原因太多了,所以请问各位大佬这个warning和报错怎么解决。

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发表于 Post on 2023-11-5 12:58:53 | 只看该作者 Only view this author
mercer 发表于 2023-11-5 12:05
sob老师您好
1.我尝试用了您的inp,只改了结构依旧会出现问题,步长前300步正常的在6--8s,三百步后飙升到 ...

原理上不存在CP2K在DFT级别下模拟Si的高温AIMD必定出问题
虽然也可以尝试GAPW结合pob-DZVP-rev2基组
我不知道你说的两个基组是什么,PM6和GFN-xTB都是理论方法名
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-5 12:05:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mercer 于 2023-11-5 12:56 编辑
sobereva 发表于 2023-11-4 04:58
跟这个没必然关系
把你的结构移植到我的输入文件里,或者我的输入文件里的设置尽可能多移植到你的体系上 ...

sob老师您好
1.我尝试用了您的inp,只改了结构依旧会出现问题,步长前300步正常的在6--8s,三百步后飙升到30-40s,一千步后再次提升变成100s左右一步。
2.我尝试按您的说法减少步长分别到0.5  0.2也均会出现上述问题。
3.我尝试关闭dftd3矫正,依旧出现上述问题
4.我尝试将初始结构换成碳化硅,没有上述问题 。该初始结构同样来自mp扩胞得到的。
5.我咨询了一个之前做过Si cp2k的课题组(我也不确定他们说法的可靠性),他们也遇到过我提及的问题,他们给我的说法是cp2k做单晶Si的高温aimd就是有问题,可以用pm6或者xtb gfn2,我了解一下这两个发现一个精度可靠性一般一个会丢失周期性边界(我已经测试过pm6没有出现 上述问题)
我的的问题是
1.使用了这两个基组退火生成非晶体,精度是否达到可用程度
2.前面使用了这俩某一个我后续的计算(非晶si的固液界面aimd)是否可以使用其他高精度方法例如pbe  GTH。3.如果只能用这俩的话用哪一个比较好,还是换软件用lammps?
4.不知道sob老师有没有其他的建议,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-11-4 04:58:22 | 只看该作者 Only view this author
mercer 发表于 2023-11-3 18:51
你好sob老师,我使用了您给的inp直接去算3000步,是没有WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converg ...

跟这个没必然关系
把你的结构移植到我的输入文件里,或者我的输入文件里的设置尽可能多移植到你的体系上,对比便知
如果查不出显著问题,减小步长再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 18:51:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 03:21
给你个北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里模拟Si晶 ...

你好sob老师,我使用了您给的inp直接去算3000步,是没有WARNING in qs_scf.F:602 :: SCF run NOT converged。随后我又尝试把结构换成我自己的216Si原子去算,跑了1100步再次出现这个warning并且出现上述的matrix ill,再出现报错前,陆续出了十几个602warning然后温度和能量全部失控了,飙升到几万度。我重新跑2000步,又陆续出现了温度能量失控。我考虑到我自己的结构为了使生成的非晶与实验上的密度相符合,我在结构设置的时候把xyz方向边界分别加长了0.7A左右(17.0加到17.7),这是否是导致初始结构不合理然后难以收敛?现在已经重新使用原始边界去计算了(因为我之前在vasp这么干过,但是没有啥报错,所以前面忘记提这个了)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 10:20:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 03:21
给你个北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里模拟Si晶 ...

好的sob老师,前面的提的问题我会注意的

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发表于 Post on 2023-11-3 03:21:27 | 只看该作者 Only view this author
给你个北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里模拟Si晶体升温导致熔化的AIMD的例子输入文件作为参考

heat.inp (34.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 100)
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mercer 发表于 2023-11-3 01:04
runlog 20多m传不上来,只把开头截取下来上传了,end是报错前的十几步,收敛情况就不那么好了,开始有点震 ...

计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
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发表于 Post on 2023-11-3 03:17:49 | 只看该作者 Only view this author
不要盖楼,给别人阅读理解带来严重不便
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 01:07:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mercer 于 2023-11-3 01:54 编辑

目前调大了max_scf 换成CG收敛标准调成1e-4去跑了,想开smear开启不了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 01:04:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mercer 于 2023-11-3 01:30 编辑

runlog 20多m传不上来,只把开头截取下来上传了,end是报错前的十几步,收敛情况就不那么好了,开始有点震荡

run.txt

81.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

end.txt

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 01:02:15 | 只看该作者 Only view this author
输入结构inp

coord.inc

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cp2k (1).inp

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