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[CP2K] 求教cp2k中纯冰的基组和泛函选择

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楼主
各位老师好,我打算计算一下冰Ih中5-7环缺陷的形成势垒,主要涉及氢键的伸缩、断裂和结合过程,
求教TZV2P-MOLOPT-GTH-q1,GTH-PBE的组合是否合适。


另外我预估的计算过程为:
1. 计算完美晶体的能量来确定CUTOFF和REL_CUTOFF。
2. 粗略地跑ci_neb来确定过渡态结构。
3. 跑dimer确定势垒。

不知上述是否有什么错误,或者使用Multiwfn给出的in文件时有什么计算冰需要特殊考虑的地方?

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发表于 Post on 2023-11-7 06:17:33 | 只看该作者 Only view this author
Qianli 发表于 2023-11-6 08:43
好的,谢谢您。其实主要是dimer比较慢吧,单点能确实可以算得动。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-6 08:43:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-6 05:41
可接受的基组和体系大小没必然关系
不代表对大体系就能容忍个烂结果(除非真的是确实没有其它办法解决) ...

好的,谢谢您。其实主要是dimer比较慢吧,单点能确实可以算得动。

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发表于 Post on 2023-11-6 05:41:59 | 只看该作者 Only view this author
Qianli 发表于 2023-11-5 20:25
谢谢社长,其实我就是想算冰中较大的缺陷的一系列形成势垒,理想情况下得2-300个水分子大小的模型跑10个 ...

可接受的基组和体系大小没必然关系
不代表对大体系就能容忍个烂结果(除非真的是确实没有其它办法解决)
对于CP2K,算1000原子体系的单点能用TZV2P(或更便宜的TZVP)-MOLOPT-GTH在像样双路服务器下不是难事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-5 20:25:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-5 11:55
跟下文同理
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387(http://bbs.keinsci.co ...

谢谢社长,其实我就是想算冰中较大的缺陷的一系列形成势垒,理想情况下得2-300个水分子大小的模型跑10个左右dimer。但在TZV2P下计算资源都应该不够,所以想知道从学界惯例或者审稿人的角度上,对这样的大尺度模型选用基组可不可以放宽标准,可以放宽到哪一步。

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发表于 Post on 2023-11-5 11:55:36 | 只看该作者 Only view this author
Qianli 发表于 2023-11-4 22:01
感谢社长。有一点没有理解,请问您说算能量时再用TZV2P是指,用DZVP计算dimer给出结构作为过渡态结构吗? ...

跟下文同理
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html

基组选择问题,看下文Q11,少一个条件都没法回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-4 22:01:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-4 09:22
合适。但如果你用一些杂化泛函,用给PBE0专门搞的赝势基组和赝势可能会稍微更理想一些。

没什么问题

感谢社长。有一点没有理解,请问您说算能量时再用TZV2P是指,用DZVP计算dimer给出结构作为过渡态结构吗?这样给出的结构难道不就与全程使用TZV2P跑dimer给出的结构不一致吗,这样算能量有意义吗?
另外还请问您,假若想算的结构较大,达到1000个原子,可以采用DZVP甚至更低精度的基组吗?

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发表于 Post on 2023-11-4 09:22:34 | 只看该作者 Only view this author
合适。但如果你用一些杂化泛函,用给PBE0专门搞的赝势基组和赝势可能会稍微更理想一些。

没什么问题
如果嫌计算量大的话,CI-NEB、dimer过程可以降低基组档次最多到DZVP-MOLOPT-GTH,算能量时再用那个

冰没什么特殊的
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