MOPAC初步优化后的结构变得很奇怪，尤其是水分子键长发生了明显变化，甚至连接到一块

奥利给

使用genmer生成分子团簇，具体参数文件（图1）和每种分子的结构文件（opt-PP+CE+H2O.xyz、Na+.xyz、Cl-.xyz）以及生成的traj.xyz文件因无法上传，都所以在压缩包中，对生成之后的traj.xyz文件使用MOPAC进行初步优化，具体参数如图2所示，得出的团簇结构文件为isomers.xyz，然后使用isostat.exe进行排序得到cluster.xyz，拉入VMD发现能量最低的构型结构很奇怪，水分子连接到一块了（图3），排名第二的还可以，后面还有一些奇怪的构型，请问老师这是什么情况？应该怎么解决。

奥利给

sobereva 发表于 2023-11-5 13:06
看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com ...

感谢老师回复，我再去研究一下这篇文章

sobereva

看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
显示的时候让VMD根据当前结构重新判断成键
如果你发现有的水的形态已经被破坏了，出现了氢转移之类情况，这种结构就不要了，可能是当前理论方法有缺陷所致。也有的情况是由于当前级别算出来的氢键键长比较短，正好在VMD判断成键的阈值之内，这种情况无所谓，键长看上去合理即可。