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[新手求助] 定量分析弱相互作用大小,重组能与振动模式的关系

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各位老师,我又两个问题想咨询一下
问题一:我之前通过Multiwfn对分子内弱相互作用进行了可视化分析,现在我想比较弱相互作用的大小,最好是数值上能体现这个值的大小以便可以得到它与重组能的关系。
问题二:我通过freq=intmodes 计算了各个振动模式,每个振动模式下的特征可以得到,因为振动和振动能级间的弛豫有关,也就是说和重组能是有直接关系的,那我怎样通过这3N-6个振动模式得到和重组能的关系呢?
谢谢各位老师指点!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-16 18:55:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-16 18:27
pi-pi堆积用RDG分析比AIM明显好得多,看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

谢谢sob老师,我之前用RDG的方法分析,已经确定这个分子都存在pi-pi弱相互作用了,现在我想数值分析一下,比较下两个分子内的pi-pi作用大小
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发表于 Post on 2016-10-16 18:27:40 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2016-10-16 18:06
sob老师,我做了AIM分析,我的分子是有面面堆积的,我认为有pi-pi弱相互作用在里面,通过看临界点,我发 ...

pi-pi堆积用RDG分析比AIM明显好得多,看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

AIM对pi-pi很不好描述
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-16 18:06:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析,看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将 ...

sob老师,我做了AIM分析,我的分子是有面面堆积的,我认为有pi-pi弱相互作用在里面,通过看临界点,我发现在两个苯环间有两天临界点,这条临界点在这是不是描述的Pi-pi,我看老师的博文上说(3,-1)是描述的弱相互作用,且在两个原子之间,但pi-pi 不是在两个原子之间的吧,这个地方比较迷惑C:\Users\cailei\Desktop

pi-pi.bmp (106.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

pi-pi.bmp
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-29 15:25:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-29 15:17
搞不清你的情况
你先把基态振动分析用dushin程序做重组能分解的操作搞熟,然后再弄激发态的。也许dushin ...

嗯嗯,谢谢老师的耐心回复
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发表于 Post on 2016-9-29 15:17:49 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2016-9-29 14:53
老师,我尝试了用dushin分解重组能,可能是我在做频率分析时用的是Freq=savenm 这个关键词,出现了 can n ...

搞不清你的情况
你先把基态振动分析用dushin程序做重组能分解的操作搞熟,然后再弄激发态的。也许dushin对激发态振动分析的重组能分解需要额外改改程序,我没试过。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-29 14:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析,看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将 ...

老师,我尝试了用dushin分解重组能,可能是我在做频率分析时用的是Freq=savenm 这个关键词,出现了 can not find scf energy ,这个问题,因为激发态的频率计算相当费时,我想问一下这个问题怎么解决呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-21 17:16:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-21 09:57
1 可以做AIM分析,看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将 ...

谢谢老师,我去研究下
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发表于 Post on 2016-9-21 09:57:20 | 只看该作者 Only view this author
1 可以做AIM分析,看相应BCP的电子密度数值、势能密度等来衡量。前提是同类的弱相互作用。

2 用dushin将重组能分解成正则模式的贡献
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
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