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[VMD] 如何使用VMD统计REAXFF模拟轨迹过程中的键数目变化

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楼主
现想请教各位,如何使用VMD软件统计REAXFF模拟轨迹过程中的C-O、C-C键数目变化,请问是否有相关的脚本?

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发表于 Post on 2023-11-7 12:08:49 | 只看该作者 Only view this author
lammps输出bond文件,写个python程序统计键数量也可以

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发表于 Post on 2023-11-7 09:17:16 | 只看该作者 Only view this author
这种脚本需要有较多VMD脚本编写知识,三两句话说不清楚,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里有全面详细的VMD tcl脚本编写介绍和海量例子。

不自己写脚本的话,也有一些现成的reaxFF分析工具可用,诸如ChemTraYzer、RMD_Digging,或许有的能给直接给你这种信息(虽然我没实际试过)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-6 19:44:55 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2023-11-6 12:45
自己学vmd,学tcl写一个。一般自然没现成的给你

谢谢您的回答,就是因为自己是纯小白,所以才寻求帖子帮助,模仿tcl脚本如何去写

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发表于 Post on 2023-11-6 12:45:08 | 只看该作者 Only view this author
自己学vmd,学tcl写一个。一般自然没现成的给你

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