用CP2K跑aimd出现水分子不断跑散开的情况

qqppoqq · 发表于 Post on 2023-11-7 14:00:27

本帖最后由 qqppoqq 于 2023-11-8 09:05 编辑

老师好我想请问一下我使用CP2K跑胺与水的相互作用，使用aimd，初始结构里面按照比例放了一个EMEA，以及40个水，我想看看5ps的时间EMEA的分子内氢键是不是稳定的，盒子的话我使用gaussview建立了一个3nm*3nm*3nm的盒子，然后使用Multiwfn进入cp2k后先选-1，分子动力学计算，然后选3加入D3，然后选10（热浴），再选2CSVR. 在运行了一段时间之后，为什么水分子会不断散开呀，这个影不影响结果的说明？是不是水分子数量用得太少了？EMEA的构型倒是一直没有变化，分子内氢键一直存在。
谢谢老师

OmegaIn · 发表于 Post on 2023-12-7 17:15:11

cp2k 跑这个实际上是分子坐标跑出了预设的盒子里，如果想做分析的话可以用VMD建立一个盒子，可以重新把跑出去的分子自动换算回原本的盒子里
先是用pbc set {10 10 10 90 90 90} -all 建立盒子
然后pbc wrap -all 就都进来了

reid · 发表于 Post on 2023-12-2 20:39:44

我是大体算一下盒子液态水的实际分子数，然后酌情建相应分子数的体系

qqppoqq · 发表于 Post on 2023-11-8 17:42:22

知道了谢谢老师的指导

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-8 15:40:12

qqppoqq 发表于 2023-11-8 13:47
谢谢老师那么40个水是不是太少了（不能正确模拟液体的状态）？我是不是至少要用400个水，用packmol来生成 ...

如果你的目的是表达显式溶剂环境，并不需要非得模拟液态。但无论如何初始结构中溶剂也必须紧紧包满了中心分子

qqppoqq · 发表于 Post on 2023-11-8 13:47:39

本帖最后由 qqppoqq 于 2023-11-8 14:23 编辑

谢谢老师那么40个水是不是太少了（不能正确模拟液体的状态）？我是不是至少要用400个水，用packmol来生成？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-8 12:55:00

盒子那么大，inp文件里的水一开始本来就是分散的，跑的过程可不那样
你若要模拟EMEA被水包着的状态，初始结构里EMEA就应当处在一个水球里

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