分享一个dimer与dmol3联用搜索过渡态时想到的小技巧

白皛白 · 发表于 Post on 2023-11-22 23:14:51

最近在搜索过渡态时一直苦于CI-NEB方法速度缓慢，成功率也比较低。之后也尝试了NEB+dimer，虽然一定程度上提高了过渡态搜索的成功率，但是仍然不尽人意。之后突发奇想，想到了一个易学易用的方法，并且用该方法尝试搜索了十几个过渡态之后感觉搜索过渡态的成功率和速度有明显的提升，在此分享给大家。
该方法主要是将dimer与dmol3联用。

第一步，先用VASP优化出初态与末态的结构，就如使用CI-NEB时一样。

第二步，基于第一步得到的初态与末态结构使用dmol3的TS search找出一个过渡态结构，110个原子左右的体系，80个核计算大概耗时4个小时。

第三步，使用dmol3找到的过渡态作为初猜计算频率之后制作MODECAR去跑dimer，得到最终的过渡态，dimer方法坛内已有大佬详细分享过了，在此不多做赘述。大概需要100个离子步左右即可收敛到0.03电子伏每埃。

以上，如有错误请各位老师同学不吝赐教。

单单 · 发表于 Post on 2024-9-28 16:57:58

白皛白发表于 2024-9-28 10:35
可以参考下这个帖子中我的回复http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=42070&page=1#pid27 ...

好的谢谢。请问我拿cineb的过渡态计算频率，有两个虚频，其中一个47cm-1，用这个结构计算DIMER之后出现3个虚频，100,200,500，是什么原因呢？

白皛白 · 发表于 Post on 2024-9-28 10:35:29

单单发表于 2024-9-25 22:24
请问怎么用频率计算结果制作MODECAR呢？

可以参考下这个帖子中我的回复http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid276642

单单 · 发表于 Post on 2024-9-25 22:24:36

请问怎么用频率计算结果制作MODECAR呢？

akun · 发表于 Post on 2024-5-25 15:30:45

白皛白发表于 2024-5-24 14:45
您好，我个人认为不需要保证Dmol找过渡态的精度与VASP结构优化的精度相同，理由与8楼的内容类似，Dmol在 ...

谢谢您的耐心解释，祝您科研顺利！

白皛白 · 发表于 Post on 2024-5-24 14:45:31

akun 发表于 2024-5-24 12:08
老师您好，看到您这个方法后，确实大受启发。我刚开始用dmol3，请问用dmol3的时候，设置的收敛标准的话是需 ...

您好，我个人认为不需要保证Dmol找过渡态的精度与VASP结构优化的精度相同，理由与8楼的内容类似，Dmol在这里只是用给出一个过渡态的初猜，所以对于精度没有严格的要求，只需要保证Dimer的精度即可。不过为了使后续的Dimer更顺利些，还是建议使用fine这个精度。

akun · 发表于 Post on 2024-5-24 12:08:28

老师您好，看到您这个方法后，确实大受启发。我刚开始用dmol3，请问用dmol3的时候，设置的收敛标准的话是需要跟原来vasp优化初态和末态的收敛标准一样吗？因为我的体系收敛比较困难，所以我用vap计算过渡态的时候收敛标准比结构优化的稍微低一点，而且M$里面的单位和vasp里面的单位不一样，若是需要保持一致的话，我是不是还得换算一下单位呢？请老师指点指点

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-4-16 17:36:19

白皛白发表于 2024-4-16 17:17
其实Dmol3在这里只是给出了一个dimer的初猜，这个初猜化学直觉比较准或者反应比较简单的话，直接手动摆出 ...

好的，我明白了，谢谢您的回复

白皛白 · 发表于 Post on 2024-4-16 17:17:12

Observer-Aya 发表于 2024-4-11 11:06
老师您好，我是一个materials studio的初学者，问的问题如果奇怪的话还请见谅，请问初末态优化和过渡态搜索 ...

其实Dmol3在这里只是给出了一个dimer的初猜，这个初猜化学直觉比较准或者反应比较简单的话，直接手动摆出来也是可以的（其实感觉类似预优化），因此给出初猜和最后实际上找过渡态使用不同程序应该是没问题的。

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-4-12 10:50:47

含光君发表于 2024-4-12 07:51
我没有理解你的意思，anyway，你可以用其他程序做预优化，但是最终算反应自由能或者活化能的时候，数据应 ...

好的好的，谢谢老师

含光君 · 发表于 Post on 2024-4-12 07:51:20

Observer-Aya 发表于 2024-4-11 12:17
是的，我在想既然绝对能量都没有可比性，那找到的初末态后换程序就不会出问题吗

我没有理解你的意思，anyway，你可以用其他程序做预优化，但是最终算反应自由能或者活化能的时候，数据应当来自同一程序

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-4-11 12:17:42

含光君发表于 2024-4-11 12:04
不同程序算出来的绝对能量没有可比性哈

是的，我在想既然绝对能量都没有可比性，那找到的初末态后换程序就不会出问题吗

含光君 · 发表于 Post on 2024-4-11 12:04:33

Observer-Aya 发表于 2024-4-11 11:06
老师您好，我是一个materials studio的初学者，问的问题如果奇怪的话还请见谅，请问初末态优化和过渡态搜索 ...

不同程序算出来的绝对能量没有可比性哈

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-4-11 11:06:38

老师您好，我是一个materials studio的初学者，问的问题如果奇怪的话还请见谅，请问初末态优化和过渡态搜索使用不同的模块难道不会使得计算出的能垒过低甚至过渡态能量低于初末态吗，我使用CASTEP模块进行优化后再用Dmol3去搜索过渡态就会出现搜索到的过渡态比初态能量还低的情况，就很难受。

zzzyh111 · 发表于 Post on 2023-11-22 23:19:38

学到了谢谢老师

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[VASP] 分享一个dimer与dmol3联用搜索过渡态时想到的小技巧

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