使用Acpype插件生成有机溶剂溶剂的top文件，在gromacs能量最小化出现问题

songsong.. · 发表于 Post on 2023-11-27 21:31:54

gromacs初学者，在构建25% 的DMF有机溶剂体系中，使用了Acpype Service生成DMF.gro 和DMF.itp,在添加Na离子过程，出现报错，报错指向DMF.itp的第43行、67行、74行（如图1 2），然后把这些行删掉，在nvt平衡过程出现下面的报错（如图3 ），各位大佬请问为什么出现这种情况，如何修改可以正常运行

songsong.. · 发表于 Post on 2023-11-29 11:25:58

wanzongliang 发表于 2023-11-28 17:04
你的itp文件貌似是有问题的

可能还有其他的问题你得仔细检查力场文件

我试试，十分感谢大佬

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-11-28 17:04:51

本帖最后由 wanzongliang 于 2023-11-28 17:07 编辑

你的itp文件貌似是有问题的

可能还有其他的问题你得仔细检查力场文件

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[GROMACS] 使用Acpype插件生成有机溶剂溶剂的top文件，在gromacs能量最小化出现问题