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[GROMACS] 小分子插入构建好的细胞膜后,用sobtop生成相应的小分子itp,最小化的时候报错

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用CHARMM-GUI构建了细胞膜结构,然后用gmx insert-molecules插入了小分子,用sobtop生成了小分子对应的itp,也复制到了力场参数里面,但最小化的时候报错,怎么处理呢


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发表于 Post on 2023-12-14 15:14:54 | 只看该作者 Only view this author
您好!想问一下您后面是怎么解决的呀?我和您的情况一模一样。GAFF力场,跟CHARMM不兼容,是必须换膜力场或者小分子力场吗?

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发表于 Post on 2023-12-1 22:49:39 | 只看该作者 Only view this author
通常sobtop产生的小分子的拓扑文件对应的是GAFF力场,跟CHARMM根本不兼容
没必要用CHARMM和CHARMM-GUI。构造膜用下文的工具,结合Slipid、LIPID等完全兼容AMBER力场的膜力场,跟GAFF描述的小分子完全兼容
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
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发表于 Post on 2023-12-1 10:08:14 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题,你这应该是atomtypes没定义这个原子,添加上就行
http://bbs.keinsci.com/thread-38840-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-21127-1-1.html

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