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[GROMACS] 如何生成OPLS-AA力场的拓扑文件

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各位老师好,目前我想使用GROMACS和OPLS-AA力场模拟约300原子体系的中性有机分子(主要是C、H、O、N、Br),通过分子动力学模拟观测其动态的构象变化。
尝试使用LigParGen生成模拟文件时发现报错,请问对于这种体系如何正确生成对应的模拟文件呢?

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发表于 Post on 2025-6-1 21:24:01 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2025-5-29 16:26
autoff是自动给同类型原子排序了吗?比如左边和右边源文件的C N元素不对应啊,想自己计算电荷替换,这 ...

空间群对称性展开的顺序各种软件不可能完全一样,要避免这个问题,你可以先用GaussView打开cif,然后保存为gjf上传,计算电荷也用gjf里面的原子顺序。

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发表于 Post on 2025-5-29 16:26:28 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-12-2 10:05
试试这个:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom


autoff是自动给同类型原子排序了吗?比如左边和右边源文件的C N元素不对应啊,想自己计算电荷替换,这样不好替换

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发表于 Post on 2024-10-30 10:06:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-25 15:45
不能
干嘛非要用OPLS-AA,明明GAFF就表现很好。OPLS-AA能模拟的问题GAFF+AMBER都能模拟

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-10-25 15:45:22 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-10-25 09:27
sob老师,这种体系我可以用GAFF力场去生成小分子top,生产模拟使用OPLS-AA力场嘛

不能
干嘛非要用OPLS-AA,明明GAFF就表现很好。OPLS-AA能模拟的问题GAFF+AMBER都能模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-10-25 09:27:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF,用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

sob老师,这种体系我可以用GAFF力场去生成小分子top,生产模拟使用OPLS-AA力场嘛

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发表于 Post on 2024-3-7 16:58:54 | 只看该作者 Only view this author
1739140886 发表于 2023-12-5 10:01
谢谢sob老师回复,我还是尝试用GAFF吧!

请问gromacs里面怎么用gaff呢,是不是要下载力场包粘贴进力场文件里面

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发表于 Post on 2024-1-6 18:33:42 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-1-6 17:50:12 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2024-1-5 14:05
老师您好,参加了您的gromacs培训班,受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中,第48页PPT(不同力场的com ...







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发表于 Post on 2024-1-5 14:05:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 11:25
这种体系非常适合GAFF,用sobtop创建拓扑文件极其快捷简单,看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的巨量 ...

老师您好,参加了您的gromacs培训班,受益匪浅。GROMACS的使用基础/力场文件中,第48页PPT(不同力场的comb-rule)和55,56页PPT(决定非键参数的规则),您能分享一下彩色版的这三页PPT吗,非常感谢🙏🏻

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发表于 Post on 2023-12-6 23:31:41 | 只看该作者 Only view this author
1739140886 发表于 2023-12-6 16:26
找到原因了,是因为AUTOFF生成的1.14xCM1A-LBCC电荷不正确导致的,部分原子被分配了明显不合理的电荷(± ...

特殊的成键形式的话CM1A电荷确实很可能不可靠,对于缺失的二面角,如果你觉得自由旋转是合理的(转动能垒很低),那可以把刚性约束删除,如果需要保持当前的二面角不变,就保留。angle和bond项缺失的时候,程序会自动以当前结构的键长、键角作为平衡的键长、键角,并且将力常数设置得很大将结构冻结住。你看到angle项的结尾几个参数力常数都特别大基本就是程序自动补的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-6 16:26:28 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-12-4 17:35
你可以将冻结的二面角参数删除,换成自由运动的试试。但是苯环的平面主要是improper决定的,当然实际模拟 ...

找到原因了,是因为AUTOFF生成的1.14xCM1A-LBCC电荷不正确导致的,部分原子被分配了明显不合理的电荷(±4~±6),我换用基于DFT计算的电荷后模拟正常多了,但还有问题想请教一下:
1.如果缺失了部分二面角参数,直接以AUTOFF输出的方式模拟会不会引起什么问题,有没有比较合理的方法处理(比如像您说的直接删除这些二面角参数);
2.怎么看到angle里面也缺少了参数呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 10:21:51 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-12-4 17:35
你可以将冻结的二面角参数删除,换成自由运动的试试。但是苯环的平面主要是improper决定的,当然实际模拟 ...

谢谢,我也再尝试一下!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 10:01:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-5 01:35
这种体系用GAFF极其适合,不会遭到任何质疑

谢谢sob老师回复,我还是尝试用GAFF吧!

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1739140886 发表于 2023-12-4 16:33
这是生成的.itp文件

这种体系用GAFF极其适合,不会遭到任何质疑
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