计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 710|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助,计算时使用MD指定的轨迹作为TDDFT的输入文件的坐标,出现了报错

[复制链接 Copy URL]

268

帖子

0

威望

2288

eV
积分
2556

Level 5 (御坂)

大家好,我最近在研究使用非绝热动力学算孤立体系的金刚烷(Adamantane, C10H16)的量子产率。
大致流程是通过CP2K和Libra(一个非绝热动力学的开源软件)结合来算。
在走非绝热动力学流程前,我先按照卢老师CP2K培训班讲义的例子,跑了些孤立体系的C10H16,单电子激发的例子,来决定选择合适的泛函和基组。


黄色背景的例子是先用B3LYP/6-311G**优化,然后再用不同泛函,基组做TDDFT计算。
蓝色背景的例子是先用PBE0/6-311G**优化,然后再用不同泛函,基组做TDDFT计算。
比较下来,我感觉泛函B3LYP,基组6-311G**算出来激发能的结果和实验值差不多,同时,计算时间相对较快。就打算把这个组合应用到后面的计算。

第一步:跑MD计算任务(泛函B3LYP,基组6-311++G**)。
第二步,把MD计算任务的输出轨迹,作为TDDFT计算(泛函B3LYP,基组6-311++G**)的任务输入文件的坐标,来进行激发态的计算,然后跑出time overlap。

但是第二步的任务出现了很多这样的报错, *** WARNING in pw/ps_wavelet_methods.F:238 :: Density non-zero on the ***
*** edges of the unit cell: wrong results in WAVELET solver           ***

我后续尝试第一步:跑MD计算任务(泛函PBE0,基组6-311++G**)。
然后第二步的TDDFT计算分别用泛函PBE0,基组6-311++G**和 CAM-B3LYP, 基组6-311++G**,还是会出现上述的报错。
我觉得出现这个报错的原因的是MD的轨迹坐标相对于优化后结构,没有那么稳定。

请问大家这个报错有什么建议吗(附上第一步的轨迹文件和第二步的输出文化供大家参考)?





two_files.zip

1.14 MB, 下载次数 Times of downloads: 16

268

帖子

0

威望

2288

eV
积分
2556

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-10 03:15:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-8 12:05
用wavelet时,电子密度不能再在盒子边界有分布,否则结果不靠谱,并且会有这种提示。出现这种提示,要么盒 ...

谢谢卢老师!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112385

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-12-8 12:05:57 | 只看该作者 Only view this author
用wavelet时,电子密度不能再在盒子边界有分布,否则结果不靠谱,并且会有这种提示。出现这种提示,要么盒子尺寸太小而电子分布过于弥散(增大盒子解决),要么当前波函数诡异,出现了虚假且弥散的特征,需要确保波函数收敛情况合理、计算方式没有硬伤,并且如果只是SCF初期出现而后期自动消除则可以不用管
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 15:30 , Processed in 0.943182 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list