lammps跑npt弛豫再跑nvt，如何让nvt使用npt最后100ps的平均体积而不是最后一步的体积

lue611 · 发表于 Post on 2023-12-14 10:38:15

我有一个熔盐的体系，NaCl，先跑npt去平衡体积密度再跑nvt，但是我发现跑nvt时使用的是npt最后一步的体积，如何让npt最后100ps的体积进行平均后再使用这个体积去跑nvt？
感谢各位大佬了

davi · 发表于 Post on 2024-3-13 10:38:41

请问解决了吗，有啥比较好的办法吗

Graphite · 发表于 Post on 2023-12-14 13:36:31

用change_box把盒子缩放到需要的体积，视情况加remap关键词。

sweetbotsu · 发表于 Post on 2023-12-14 11:02:36

可以先把npt的dump轨迹导入到python里，用mdanalysis得到每一帧的边长，手动做平均之后，再把盒子写到data文件里。

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