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[GROMACS] 各位大神好,有个GROMACS 关于RMSD的问题请教下大家

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复合物:最小二乘法(Backbone),RMSD计算(Protein_ligand)
蛋白Nit20:最小二乘法(Backbone),RMSD计算(Backone,其实protein也选过和Backone差别不大)
配体S1:最小二乘法(ligand),RMSD计算(ligand)

我这里有三个问题:1这个情况是否说明小分子与蛋白都相对稳定了,但是结合状态不太稳定;2.如果想整个complex稳定,该怎么办;3是否能通过过程判断当前这个结合位置不是最佳?
希望大家解答下,感激不尽!

RMSD.png (23.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-3 15:35:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-18 23:32
通常不需要特殊处理,看如果蛋白质-配体复合物的模拟中途有一部分由于PBC记录原因跑到盒子另一头了,则需 ...

好的,清晰了许多,谢谢您

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发表于 Post on 2023-12-18 23:32:22 | 只看该作者 Only view this author
hf.li 发表于 2023-12-18 09:16
sob老师,我用两次trjconv命令处理后得到的fit.xtc文件去跑rmsd发现结果变成现在这样了,那我们以后看rms ...

通常不需要特殊处理,看如果蛋白质-配体复合物的模拟中途有一部分由于PBC记录原因跑到盒子另一头了,则需要处理以保持复合物的完整。下文专门说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-18 09:16:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-15 20:56
complex波动那么大明显离谱,结合轨迹搞清楚是什么原因导致的,诸如是否考虑PBC记录轨迹导致小分子坐标突越 ...

sob老师,我用两次trjconv命令处理后得到的fit.xtc文件去跑rmsd发现结果变成现在这样了,那我们以后看rmsd输入的xtc文件是要trjconv处理后的吗

fit.png (46.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-18 09:05:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-15 20:56
complex波动那么大明显离谱,结合轨迹搞清楚是什么原因导致的,诸如是否考虑PBC记录轨迹导致小分子坐标突越 ...

好的,sob老师,我先根据轨迹看一下吧,这里所有的RMSD用的都是原始的轨迹,没有经过trjconv命令处理

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发表于 Post on 2023-12-15 20:56:47 | 只看该作者 Only view this author
complex波动那么大明显离谱,结合轨迹搞清楚是什么原因导致的,诸如是否考虑PBC记录轨迹导致小分子坐标突越所致。始终不要只看RMSD而不看轨迹
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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