请教金属配位笼的优化方法，优化过程中震荡

Tracy民工 · 发表于 Post on 2023-12-15 13:19:37

本帖最后由 Tracy民工于 2023-12-15 13:22 编辑

计算内容：我的结构是含吡咯吡啶环的有机配体和金属Zn配位形成的笼状结构，和常见的多面体笼状结构不太一样，结构如图所示。中间包合了季铵阳离子，共有348个原子，想通过结构优化看笼内的阳离子的构象和分布规律，可能结构不太规整，试过ORCA，不容易收敛，于是还是决定采用Gaussian优化。关键词是：opt=GDIIS freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=n,n-dimethylformamide)

请教各位老师：结构优化比较慢，后面有震荡趋势，四项都没收敛。请问怎么改一下关键词会加快收敛？还是说这种模型不适合用Gaussian呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-16 23:37:39

Tracy民工发表于 2023-12-16 09:55
谢谢sobereva老师，我当时想加了色散矫正会更难收敛，就想先低精度收敛再加色散矫正来优化，看来这种想法 ...

"加了色散矫正会更难收敛" 从来都没这回事。即便实际出现了那也只是巧合而已

Tracy民工 · 发表于 Post on 2023-12-16 14:21:13

GoldenBaby 发表于 2023-12-16 13:33
你这个不会是MOF里面扣出来的笼状簇模型吧。

不是呢，是MOC，cage结构。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-12-16 13:33:33

Tracy民工发表于 2023-12-16 09:57
谢谢您，这已经是简化过的模型了，担心过度简化结构会不合理，我再研究研究您说的orca。

你这个不会是MOF里面扣出来的笼状簇模型吧。

Tracy民工 · 发表于 Post on 2023-12-16 09:57:30

GoldenBaby 发表于 2023-12-16 09:00
个人一点小建议，可以先把那些零碎的烷基链简化一下，再优化。另外不知道你用orca优化是scf不容易收敛还是 ...

谢谢您，这已经是简化过的模型了，担心过度简化结构会不合理，我再研究研究您说的orca。

Tracy民工 · 发表于 Post on 2023-12-16 09:55:09

sobereva 发表于 2023-12-15 20:24
弱相互作用如此显著，哪能D3都不加
好好看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”

谢谢sobereva老师，我当时想加了色散矫正会更难收敛，就想先低精度收敛再加色散矫正来优化，看来这种想法是错误的。我再好好看看您之前的文章。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-12-16 09:00:34

个人一点小建议，可以先把那些零碎的烷基链简化一下，再优化。另外不知道你用orca优化是scf不容易收敛还是几何结构不收敛。按理说这种结构orca应该还挺擅长处理的。如果是scf不收敛可以尝试让orca读取Gaussian收敛的波函数再去计算。最近发现，Gaussian在几何优化收敛算法时有一点小问题，有一些结构特别容易出一些特别小的虚频，很难消掉，orca 这方面做的就要好一点（至少对于那个结构测试来说是这样）。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-15 20:24:08

弱相互作用如此显著，哪能D3都不加
好好看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

看下文了解怎么帮助收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

当前问题用Gaussian完全适合。换成其它程序只会更难收敛

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