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[新手求助] 求助:IRC计算中如何固定/指定反应坐标

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本帖最后由 fresco604 于 2016-10-9 00:17 编辑

在我的一个IRC计算中,从一个minima A到另外一个minima B唯一的区别就是一个二面角dihedral angle的转换,但是在我的IRC计算中,有时除了该二面角,别的二面角可能也会出现改动


于是,我在input文件中,固定住了除了那个二面角以外所有别的二面角, 就像这样:


  # irc=(calcfc,lqa)  b3lyp/6-31+g(d) geom=modredundant

   过渡态分子结构

D 1 2 3 4 F
D 2 3 4 5 F
.......


我想这样的话在IRC计算当中应该反应坐标就只是那个我想旋转的二面角了,可是这个计算根本无法进行,每次都报错:

Cannot AddRedundant with Cartesian or Z-matrix opts.
Error termination via Lnk1e in /apps/rhel6/g09-D.01/g09/l1.exe



小弟在此求助各位大神,我如何才能在IRC计算中指定反应坐标,谢谢!






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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 21:02:09 | 只看该作者 Only view this author

谢谢!我再重新优化一下过渡态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 21:00:39 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-9 01:11
之前我倒是遇到一种情况,构型变化就是一个键的角度发生变化,两个构型实际上是对称结构,这个例子就在北 ...

谢谢 不过我的两个minima倒确实不是mirror image,就是一个dihedral angle有不同

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发表于 Post on 2016-10-9 12:43:15 | 只看该作者 Only view this author
fresco604 发表于 2016-10-9 00:42
哦,原来是这样,可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊, 实在不知道怎么才能找到一个 ...

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发表于 Post on 2016-10-9 01:11:19 | 只看该作者 Only view this author
fresco604 发表于 2016-10-9 00:42
哦,原来是这样,可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊, 实在不知道怎么才能找到一个 ...

之前我倒是遇到一种情况,构型变化就是一个键的角度发生变化,两个构型实际上是对称结构,这个例子就在北师大的一本计算化学实验书上有,我觉得吧你应该仔细对比一下你的两个结构再决定。祝好运!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 00:42:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-9 00:40
明显是过渡态定位不准所致。跟nosymm毛关系也没有。

哦,原来是这样,可是我的过渡态也是用QST3 或者TS (Berny) 优化出来的啊, 实在不知道怎么才能找到一个准确的过渡态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 00:40:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-9 00:37
你这样做就不叫IRC了
非要此过程中不允许其它二面角变动,就对希望变动的二面角做柔性扫描,用F约束其它二 ...

谢谢指教,另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态, 要么就都只回到末态, 导致我的IRC曲线是对称的,是不是需要一个nosymm指令之类的?

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发表于 Post on 2016-10-9 00:40:11 | 只看该作者 Only view this author
fresco604 发表于 2016-10-9 00:39
另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态, 要么就都只回到末态, 导致我的IRC ...

明显是过渡态定位不准所致。跟nosymm毛关系也没有。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-9 00:39:32 | 只看该作者 Only view this author
另外我还有一个奇怪的问题。为什么我的过渡态每次都要么都只回到初态, 要么就都只回到末态, 导致我的IRC曲线是对称的,如图所示


  


是不是我需要加一个nosymm 指令?

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发表于 Post on 2016-10-9 00:37:40 | 只看该作者 Only view this author
你这样做就不叫IRC了
非要此过程中不允许其它二面角变动,就对希望变动的二面角做柔性扫描,用F约束其它二面角运动。
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