机器学习分子动力学轨迹如何统计筛选分子片段

lowkey · 发表于 Post on 2023-12-21 22:14:54

用DeePMD-kit训练出的机器学习力场跑lammps，得到的轨迹只有元素信息，现在希望通过轨迹后处理提取分子片段信息做统计分析。请问有什么好的方法可以实现呢？请大神赐教！

MIAOTF · 发表于 Post on 2025-12-18 10:44:18

请问，在使用DeePMD-kit训练力场前，采用什么软件来计算结构的参数呢，目前我了解到了VASP、CP2比较主流，Gaussian能够满足要求吗

lowkey · 发表于 Post on 2023-12-24 15:55:01

lyj714 发表于 2023-12-23 22:37
VMD不计算跨边界的原子之间的成键，即使有盒子信息也没用。那就只能写程序统计了。

明白了，感谢！

lyj714 · 发表于 Post on 2023-12-23 22:37:20

本帖最后由 lyj714 于 2023-12-23 22:40 编辑

lowkey 发表于 2023-12-23 22:09
感谢回复！得到的轨迹就是普通的lammps dump轨迹，不涉及化学反应，理论上应该就是对一帧进行处理。我之 ...

VMD不计算跨边界的原子之间的成键，即使有盒子信息也没用。那就只能写程序统计了。

lowkey · 发表于 Post on 2023-12-23 22:09:23

lyj714 发表于 2023-12-22 16:23
得到的轨迹是哪种形式，涉及到化学反应吗。如果涉及到反应，那分子片段就需要对每一帧进行分析，如果就是普 ...

感谢回复！得到的轨迹就是普通的lammps dump轨迹，不涉及化学反应，理论上应该就是对一帧进行处理。我之前尝试过导入VMD来自动判断成键，但即使设置了周期性边界条件，边界处的原子还是无法自动成键，所以不知道接下来该如何操作

lyj714 · 发表于 Post on 2023-12-22 16:23:38

得到的轨迹是哪种形式，涉及到化学反应吗。如果涉及到反应，那分子片段就需要对每一帧进行分析，如果就是普通的md轨迹，就只需要对其中一帧进行分子片段识别。显然都需要写程序进行分析才可以，先判断成键(比如基于原子距离)，然后针对拓扑分析构成分子片段。

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