求助：gromacs能否实现计算时忽略某一个体系的势函数，且墙在gromacs中的使用

sj12138

各位老师好，我有以下几个问题想问
1.在做碳纳米管中的生长，使用lammps时，可以将整个管子固定，并且忽略掉管子中C-C的相互作用，只考虑C和生长原子之间的相互作用。那么使用gromacs将管子固定可以freeze，但是能否实现忽略掉管子中所有C-C之间相互作用的计算那?（itp文件中moleculetype确实可以忽略相互作用，nrexcl项只能控制相隔几个键之内的原子，但是碳纳米管中C原子数较多，应该怎么忽略掉所有碳原子之间的相互作用那？）

2.根据我的理解，gromacs中固定坐标的三种命令无论哪一个是不是都是实际上只做了位置上的限制，但仍然计算相互作用力。这种理解对吗？比如限制了水的位置键长键角等等，但是不会限制水分子之间的作用力，约束和冻住同理。

3.在gromacs中如果使用石墨烯衬底，mdp中周期性采用xy，在z方向上加墙（目的时防止镜像接触）的模拟过程。墙本身就可以添加石墨烯的势参数从而代替石墨烯衬底
（lammps中墙的作用是这样的，在gromacs中是否也是一样的那？），那么这种模拟手段（加墙同时有石墨烯衬底）是不是就重复了？并且墙的lj是否也会对石墨烯及其内部的结构产生相互作用呢？
墙的命令如下，石墨烯势参数等正常设置
nwall                        = 2
wall-atomtype           = WALL WALL
wall-type                  = 12-6
ewald-geometry        = 3dc
wall-r-linpot              = -1


感谢各位老师的指点

sobereva

sj12138 发表于 2023-12-24 17:14
前面几条都明白了，谢谢sob老师，我还有一个疑惑

存在石墨烯时不使用wall的话使用npt系综在xyz方向上 ...

看不懂你描述的情况

sj12138

sobereva 发表于 2023-12-24 01:20
1 通常与freeze联用，但不仅限于结合freeze使用。本身就是刚性的片段内的非键相互作用都可以靠这个排除掉 ...

前面几条都明白了，谢谢sob老师，我还有一个疑惑

存在石墨烯时不使用wall的话使用npt系综在xyz方向上进行模拟，在盒子z发生膨胀时是否会出现石墨烯衬底的镜相接触那？

sobereva

sj12138 发表于 2023-12-23 14:24
感谢sob老师我对于以下几点依旧有疑惑

1.我查看了手册，发现手册上似乎说明该命令用于排除冻结组之间 ...

1 通常与freeze联用，但不仅限于结合freeze使用。本身就是刚性的片段内的非键相互作用都可以靠这个排除掉（如果为了节约时间之类目的）

2 可以用xyz。但也不是只能用xyz，xy周期性同样可以

3 计算静电作用时只考虑xy周期性

4 是

sj12138

sobereva 发表于 2023-12-22 19:21
1 mdp里利用energygrp-excl排除纳米管与纳米管自己的相互作用

2 我不知道你说的“三种命令”指什么，下 ...

感谢sob老师我对于以下几点依旧有疑惑

1.我查看了手册，发现手册上似乎说明该命令用于排除冻结组之间的相互作用特别有用。那么是否可以理解此命令通常与freeze连用？如果不与固定坐标三大类命令共用是否会对模拟正确性产生影响呢？

2.如果有石墨烯不设置wall时候是否就应该将周期性选择xyz？

3.ewald-geometry = 3dc的作用是什么？看手册没看明白

4.wall与石墨烯同时存在的话，墙的lj是否也会对结构中的原子产生相互作用呢？
感谢sob老师

sobereva

1 mdp里利用energygrp-excl排除纳米管与纳米管自己的相互作用

2 我不知道你说的“三种命令”指什么，下文说的三种做法原理截然不同，绝非都是“做了位置上的限制”。受力都照常算
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

3 有石墨烯挡住就不需要用wall