关于文章中振动模式分配图的来源问题

wang_ · 发表于 Post on 2024-1-2 22:14:00

最近在网上看到了一些关于振动模式分配的文章，存在一些疑惑的地方想请教下各位老师们，看到的几篇都是用Siesta进行计算得到了下面的原子位移与振动模式分配图（文章DOI号：10.1007/s10762-019-00636-7 和10.1021/acs.jpca.8b04978 ），但是也有一篇是采用Gaussian计算得到的（文章DOI号：10.1039/C1CP20594C），因此我十分好奇这些图能否通过其它分析软件分析得到

此外，由于我是采用CRYSTAL软件进行周期性计算的，但是同样采用CRYSTAL软件进行计算的文章并没有关于以下振动模式分配图的由来解释（文章DOI号：10.1039/c4cp04947k），这同样也是让我非常疑惑的一点。

wang_ · 发表于 Post on 2024-6-17 09:55:25

sobereva 发表于 2024-6-13 01:37
Gaussian给你的正则坐标都是归一化的。所以显然只有正则坐标的分量的相对大小有意义。正则坐标的各个分量 ...

抱歉，sobereva老师，前面把名字打错了，不好意思

wang_ · 发表于 Post on 2024-6-13 10:27:40

本帖最后由 wang_ 于 2024-6-17 09:55 编辑

sobereva 发表于 2024-6-13 01:37
Gaussian给你的正则坐标都是归一化的。所以显然只有正则坐标的分量的相对大小有意义。正则坐标的各个分量 ...

sobereva老师，感谢您的解答，但我在实际计算中还是有几个地方不太清楚，想详细请教下您

1. 如何确定平动方向和旋转方向？是根据频率计算的前6个振动模式（3平动+3转动）进行投影，还是根据晶轴方向进行投影呢？
2. 进行投影后我该怎么衡量它们的贡献的，比如平动方向是z轴，我将z轴方向投影掉，那么振动矢量就落在了xy平面，那么我怎么衡量它们在z轴的贡献（平动贡献）呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-13 01:37:58

wang_ 发表于 2024-6-12 21:38
sobereva老师，正则坐标表示的是原子偏离平衡位置，也就是相对平衡位置的位移，“只有不同原子间相对位移 ...

Gaussian给你的正则坐标都是归一化的。所以显然只有正则坐标的分量的相对大小有意义。正则坐标的各个分量体现了振动时不同原子不同笛卡尔分量之间相对振幅大小，以及原子运动方向。

各个方向平动全都投影掉，自然就没有任何平动分量了，不用管原本平动成份在什么方向上

wang_ · 发表于 Post on 2024-6-12 21:38:34

sobereva 发表于 2024-6-12 02:47
只有不同原子间相对位移大小有意义，这是正则坐标所体现的。没有所谓的绝对的位移大小

sobereva老师，正则坐标表示的是原子偏离平衡位置，也就是相对平衡位置的位移，“只有不同原子间相对位移大小有意义”，是指同一时刻所有原子在偏离平衡位置的位移大小是相对的，可比较的，不知道我的理解对不对？
老师，我还想请教下关于您这个回复“根据量化/第一性原理程序产生的分子固体或团簇类体系的整体振动模式的正则矢量，从中投影出各个分子的平动、转动模式的贡献，剩下的作为分子内振动的贡献”，我在可视化振动模式的时候，发现平动不总是沿着晶轴方向，我不确定转动是不是，我想问问如果想将正则向量进行投影，我该如何确定平动的向量和转动轴呢？
我一开始尝试过将某个振动模式的位移量的绝对最小值作为平移矢量，但是发现采用绝对值的方式不太可行，因为符号不一样代表原子朝反方向运动，而关于转动轴的确定更是一头雾水，希望老师不吝赐教

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-12 02:47:26

wang_ 发表于 2024-6-11 10:13
sobereva老师，我最近回看这篇文章的时候，发现特定原子参与振动模式的尺度是通过位移大小来衡量的，我想 ...

只有不同原子间相对位移大小有意义，这是正则坐标所体现的。没有所谓的绝对的位移大小

wang_ · 发表于 Post on 2024-6-11 10:13:35

sobereva 发表于 2024-1-3 02:19
没写用什么程序分析出这些贡献的话，大概率是作者自写的程序。根据量化/第一性原理程序产生的分子固体或团 ...

sobereva老师，我最近回看这篇文章的时候，发现特定原子参与振动模式的尺度是通过位移大小来衡量的，我想请问一下这个位移大小是自己另外跑程序获得的还是，通过频率计算就能得到的呢？

wang_ · 发表于 Post on 2024-1-4 15:33:07

sobereva 发表于 2024-1-4 10:28
振动没什么可推荐的

对周期性体系考察分子间相互作用，看下文提到的IGMH、Hirshfeld surface等分析

好的好的，感谢sobereva社长的推荐

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 10:28:27

wang_ 发表于 2024-1-3 22:01
非常感谢sobereva社长的答疑，我想请教下如果要了解使用第一性原理对这些振动模式进行分配，投影各个分子 ...

振动没什么可推荐的

对周期性体系考察分子间相互作用，看下文提到的IGMH、Hirshfeld surface等分析
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

wang_ · 发表于 Post on 2024-1-3 22:01:48

sobereva 发表于 2024-1-3 02:19
没写用什么程序分析出这些贡献的话，大概率是作者自写的程序。根据量化/第一性原理程序产生的分子固体或团 ...

非常感谢sobereva社长的答疑，我想请教下如果要了解使用第一性原理对这些振动模式进行分配，投影各个分子振动贡献，或者从第一性原理了解周期性体系分子间相互作用的话，有什么推荐的文章或者书籍吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-3 02:19:59

没写用什么程序分析出这些贡献的话，大概率是作者自写的程序。根据量化/第一性原理程序产生的分子固体或团簇类体系的整体振动模式的正则矢量，从中投影出各个分子的平动、转动模式的贡献，剩下的作为分子内振动的贡献。

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