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[新手求助] 求助,如何将host晶体中的一个分子替换成guest分子(二聚体计算)

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本帖最后由 zhuwu 于 2024-1-3 04:08 编辑

本人目前在做一个主客体参杂体系的激发态计算,想得到其主客体双分子体系的单线态和三线态能量。主体和客体分子的单晶结构都已经得到,但是不知道如何将主体晶体结构中的一个分子替换成客体分子.如果可以写出相关操作步骤那就太好了。

晶体结构.zip

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发表于 Post on 2024-1-3 08:14:35 | 只看该作者 Only view this author
按下文,让Multiwfn基于晶体结构产生完整分子结构,抠出来
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html

然后把两个分子结构利用genmer产生二聚体初始结构,并结合molclus做二聚体构型搜索
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-3 04:06:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-3 02:58
说明你是要算晶体,还是算这两个晶体中提取出来的分子构成的孤立的二聚体。如果是前者,做这种替换没意义, ...

是后者,二聚体.

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发表于 Post on 2024-1-3 02:58:38 | 只看该作者 Only view this author
说明你是要算晶体,还是算这两个晶体中提取出来的分子构成的孤立的二聚体。如果是前者,做这种替换没意义,跟实际情况不可能相符。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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