vmd中一个氧形成多个氢键，如何判断哪些是合理的？

moni0823 · 发表于 Post on 2024-1-3 10:48:52

各位老师同学好，如题所示，我在vmd中测量某个蛋白质上的-OH上的氧原子与周围其他原子之间形成的氢键，发现氧最多可与六个其他原子之间形成氢键，想问一下这是合理的吗？如果不合理，请问如何去判断并选择正确的形成的氢键？希望各位可以给予指导，非常感谢！以下分别是我设置的参数和导出的文件信息。

hbonds-o1.dat (1.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 10:01:16

graphics - representation里设drawing method为Hbonds，把判断阈值设得和此窗口一致，直接肉眼看一下图形窗口里都有哪些氢键便知

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[VMD] vmd中一个氧形成多个氢键，如何判断哪些是合理的？