计算溶剂化自由能和直接计算溶剂与溶质的相互作用能的区别

Kayla1488 · 发表于 Post on 2024-1-4 22:54:08

我想在Materials studio跑完分子动力学的溶液模型中计算两种不同构象的分子与溶剂的相互作用能，其中作用更强的认为该构象在溶液中更加稳定。
那么请问各位老师，这种计算和直接计算两种构象的溶剂化自由能的实际含义有什么不同，这两种情况是否都可以用来衡量溶质与溶剂作用的强弱呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-5 12:31:29

Kayla1488 发表于 2024-1-5 12:05
老师，是这样的，我从一篇来自crystal growth&design的文献中看到了作者有如下计算：有种物质存在两种晶 ...

“稳定”没有唯一衡量标准
诸如你用二聚体在溶剂中是否容易解离作为稳定性的判据，需要计算溶剂下二聚体的解离过程的自由能变。若通过热力学循环来考虑的话，需要计算真空中的解离自由能变，以及二聚体、单体分子各自的溶解自由能（即溶剂化自由能），由此来得到。

Kayla1488 · 发表于 Post on 2024-1-5 12:22:32

本帖最后由 Kayla1488 于 2024-1-5 12:25 编辑

Kayla1488 发表于 2024-1-5 12:05
老师，是这样的，我从一篇来自crystal growth&design的文献中看到了作者有如下计算：有种物质存在两种晶 ...

老师，如果我分别构建了两个含有相同溶剂分子和添加剂分子的溶液模型1和2, 两个溶液模型中分别加入两种不同的二聚体构型，通过Mateials Studio的Forcite模块计算溶剂化自由能时，添加剂分子是否可以被认为是溶剂的一部分呢，得到的自由能数值是否可以用来衡量二聚体在含有添加剂的溶液中的稳定性强弱呢

Kayla1488 · 发表于 Post on 2024-1-5 12:05:32

sobereva 发表于 2024-1-5 10:37
根本就是错的
溶剂下的自由能最低的构象才能说更稳定
溶质-溶剂相互作用仅仅是影响因素之一，显然还得看 ...

老师，是这样的，我从一篇来自crystal growth&design的文献中看到了作者有如下计算：有种物质存在两种晶体形式，他们的分子构象一致，区别在于二聚体构型不同。作者分别从晶胞结构中提取出了二聚体单元，将它们置于溶液模型中，分别计算了两种二聚体结构与溶剂的相互作用能，并且认为相互作用能的更强的更加稳定。

所以，该文献实际应该算溶剂化自由能才对嘛老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-5 10:37:29

根本就是错的
溶剂下的自由能最低的构象才能说更稳定
溶质-溶剂相互作用仅仅是影响因素之一，显然还得看构象自身在真空下的能量

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