求助，更改残基名是否影响结果

非好汉 · 发表于 Post on 2024-1-6 12:10:38

本帖最后由非好汉于 2024-1-6 12:44 编辑

大佬们，想问一下，我用ligpargen生成了opls力场下的乙酸和戊二醛的拓扑文件，在使用时，由于残基名都是UNK，为方便使用，我将残基名（itp和pdb中）都改成了乙酸和戊二醛的拼音简写，请问这影响模拟结果吗?

非好汉 · 发表于 Post on 2024-1-6 21:32:13

sobereva 发表于 2024-1-6 18:24
只要你不用pdb2gmx，残基名就无所谓。结构文件和拓扑文件里的残基名不同的时候会自动用后者的

好的，谢谢老师

非好汉 · 发表于 Post on 2024-1-6 21:31:56

wanzongliang 发表于 2024-1-6 13:29
残基名就是个代号，你前后一致就可以吧

好的，谢谢大佬

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-6 18:24:22

只要你不用pdb2gmx，残基名就无所谓。结构文件和拓扑文件里的残基名不同的时候会自动用后者的

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-1-6 13:29:52

残基名就是个代号，你前后一致就可以吧

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[GROMACS] 求助，更改残基名是否影响结果