xyzfakeG：将多帧xyz文件转换为伪造高斯输出文件

zhouoh · 发表于 Post on 2024-1-8 15:07:29

最近经常使用xtb，crest做优化和构象搜索。但是比较麻烦的一点是这两个程序的输出都是xyz文件，Gaussview没法直接打开。所以仿照sob老师的OfakeG (OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)) 写了一个程序将多帧xyz文件转化为伪造的Gaussian优化输出文件使得其可以直接被Gaussview打开。
程序的用法很简单，将编译好的二进制文件放在系统的PATH路径下并赋予可执行权限，之后在xyz文件所在路径下运行:

xyzfakeG XXX.xyz

复制代码

就会在当前目录生成XXX_fake.log名字的伪造输出文件。这个程序也支持同时转换多个文件，比如：

xyzfakeG XXX.xyz YYY.xyz #同时转换XXX.xyz YYY.xyz
xyzfakeG *.xyz #转换当前目录下所有xyz文件

复制代码

如果输入的xyz文件是xtb的输出文件的话（xtbopt.log)，每帧对应的能量和受力会被相应的写到输出文件中，方便观察收敛情况。如果是crest输出的构象文件(crest_conformers.xyz)，每个构象对应的能量也会被相应的记录下来。
xyzfakeG使用C++编写，我这里只在Linux和Mac下面编译过。不过整个程序除了标准库没有其他的依赖，移植到其他系统应该不难。

yaoshi1206 · 发表于 Post on 2024-9-19 21:40:31

lilf 发表于 2024-9-19 17:41
使用obabel就行啦

obabel XXX.xyz -O XXX.mol2

多谢老师的帮助！

lilf · 发表于 Post on 2024-9-19 17:41:56

使用obabel就行啦

obabel XXX.xyz -O XXX.mol2

yaoshi1206 · 发表于 Post on 2024-9-19 17:11:45

traj.xyz (60.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

traj_fake.log (84.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) zhouoh老师的这个应用好像有些问题，xyz转换成log后元素符号消失了

ionexchangeC · 发表于 Post on 2024-1-8 16:09:02

我也做过一个xyz转gjf的程序，源码很简单，转完了之后是gjf格式，GaussView可以直接打开。

xyzTogjf.f90 (661 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 19)

xyzTogjf.exe (381.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)
用法很简单，把程序复制到要转换的文件目录下，打开程序依次输入文件名、自旋多重度与结构数，得到的convert.gjf就是转换出的文件

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[辅助/分析程序] xyzfakeG：将多帧xyz文件转换为伪造高斯输出文件

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