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[CP2K] 求助:CP2K计算MD过程水分子键未断裂

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楼主
本帖最后由 qzupc 于 2024-1-27 11:49 编辑

各位老师好,我最近在学习使用cp2k算aimd,体系为2×2的碳酸钾上方5埃处有8个CO2和8个H2O,已经过结构优化,输入文件由Multiwfn生成,模拟温度为323K,压力1bar,使用GTH-PBE基组泛函,DFT-D3(BJ)修正,采用OT算法,步长1fs,采用NPT系综,计算50ps后仍未发现H2O分子键断裂并与CO2生成碳酸氢根
刚接触CP2K,请问各位老师我使用的基组泛函是否合适?是否需要延长反应时间继续计算?请各位老师帮忙解答,以下是inp文件 aimd.inp (10.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

aimd_new.inp

41.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 19

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-29 09:55:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-28 02:33
我说的是液态水层(固液界面,当三维周期性体系),而不是零星一些水分子。液态水和碳酸钾的接触远比这么 ...

好的社长,我是考虑建成液态水层分子太多会过于耗时,目前体系算了5ps加上结构优化用了五天的时间,另外看到文献是放了十几个H2O和CO2在5ps以内会发生成断键反应,所以我考虑是不是我其他参数设置有问题,大多参数是按照文献已有参数设置的

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发表于 Post on 2024-1-28 02:33:17 | 只看该作者 Only view this author
qzupc 发表于 2024-1-27 11:49
社长您好,我重新建立了一个4×3×2的碳酸钾平面板层,温度升高到353K,体系内添加12个CO2和H2O,模拟了5 ...

我说的是液态水层(固液界面,当三维周期性体系),而不是零星一些水分子。液态水和碳酸钾的接触远比这么些零散的水分子紧密得多、很短的模拟时间内出现反应的概率因此也更大
当前的控压时间常数太大
5 ps时间太短,怎么也跑个几十ps
当前测试没必要加入CO2
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-27 11:49:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 02:09
关键词并没显著问题
先跑个液态水和碳酸钾接触的界面体系看出现什么情况。并且为了加速现象的出现,用低于 ...

社长您好,我重新建立了一个4×3×2的碳酸钾平面板层,温度升高到353K,体系内添加12个CO2和H2O,模拟了5ps后仍然没看到碳酸氢根生成,从轨迹来看似乎延长模拟时间也不行,您能帮忙看下是inp文件有问题吗,新的inp文件我上传了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 09:36:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 02:09
关键词并没显著问题
先跑个液态水和碳酸钾接触的界面体系看出现什么情况。并且为了加速现象的出现,用低于 ...

好的,感谢社长回复,之前主要是为了减少原子个数节省计算时间,我重新建模试一下

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发表于 Post on 2024-1-19 02:09:01 | 只看该作者 Only view this author
关键词并没显著问题
先跑个液态水和碳酸钾接触的界面体系看出现什么情况。并且为了加速现象的出现,用低于沸点的较高温度跑
当前的碳酸钾slab太薄了,XY方向也偏小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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