求助：在同一体系下模拟多种无机小分子，小分子之间是否相互影响

Riggs-蹊 · 发表于 Post on 2024-1-18 16:52:46

本帖最后由 Riggs-蹊于 2024-1-18 19:02 编辑

本人模拟磷脂膜，膜蛋白以及无机小分子（如过氧化氢、一氧化氮、臭氧等）的混合体系，其中用AMBER力场描述蛋白质、Lipid力场描述磷脂、GAFF描述无机小分子，无机小分子的GAFF力场参数由sobtop产生，想要模拟出无机小分子在膜内外的分布以及与蛋白质的相互作用，有以下几个问题咨询，谢谢大家

1、在目前的体系和力场条件下，无机小分子是否会与蛋白质或者磷脂发生化学反应（如导致化学键断裂和生成）？
2、同时加入多种无机小分子物质时，不同种类的小分子之间是否会相互影响（比如影响小分子的运动状态以及空间分布），并导致最终的小分子模拟结果有所不同？
3、加入多种小分子物质时，如果它们相互之间有影响的话，是否应该加入单一的小分子物质分别模拟？
4、我的无机小分子是在整个体系模拟平衡后，然后通过insert-molecules插入到水中的，但插入的位置无法随机指定，因此只能根据我人为设定的坐标进行插入，我是通过随机数指定的插入坐标，请问这样的插入方式合理吗？

0325-ddd · 发表于 Post on 2024-3-4 09:36:51

Riggs-蹊发表于 2024-3-1 23:20
不好意思，很久没进来看了，我是用Gaussview画的

好的，感谢回复

Riggs-蹊 · 发表于 Post on 2024-3-1 23:20:11

0325-ddd 发表于 2024-2-3 12:48
麻烦问一下楼主，无机结构一般用什么软件画输入文件呢？之前是有机专业的，不太懂无机这个怎么搞

不好意思，很久没进来看了，我是用Gaussview画的

0325-ddd · 发表于 Post on 2024-2-3 12:48:12

麻烦问一下楼主，无机结构一般用什么软件画输入文件呢？之前是有机专业的，不太懂无机这个怎么搞

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-20 23:20:14

Riggs-蹊发表于 2024-1-20 11:37
但是我需要在已经平衡好的的水相中去插入，这样的话packmol也可以吗？

packmol只能去堆积产生新结构，而不能做替换

只能替换的话，自行修改结构文件，每次只留需要的部分，然后用insert-molecules替换，最后再试图组合到一起

Riggs-蹊 · 发表于 Post on 2024-1-20 11:37:42

sobereva 发表于 2024-1-20 06:30
指定范围需要用packmol构建

但是我需要在已经平衡好的的水相中去插入，这样的话packmol也可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-20 06:30:05

Riggs-蹊发表于 2024-1-19 09:09
老师，我的插入不是在全部区域随机插入，我需要在指定的部分区域随机插入，请问这个怎么实现呢？
还有， ...

指定范围需要用packmol构建

Riggs-蹊 · 发表于 Post on 2024-1-19 09:09:42

RandomError 发表于 2024-1-18 18:00
1. 常规MD不涉及键的断裂与生成
2. 会吧？你不能指望你放一堆分子进去然后它们完全没有相互作用（这让我想 ...

好的，谢谢您

Riggs-蹊 · 发表于 Post on 2024-1-19 09:09:15

sobereva 发表于 2024-1-19 02:01
insert-molecules结合-replace本来就是随机插入的

老师，我的插入不是在全部区域随机插入，我需要在指定的部分区域随机插入，请问这个怎么实现呢？
还有，请问一下老师第二个和第三个问题，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-19 02:01:33

insert-molecules结合-replace本来就是随机插入的

RandomError · 发表于 Post on 2024-1-18 18:00:22

1. 常规MD不涉及键的断裂与生成
2. 会吧？你不能指望你放一堆分子进去然后它们完全没有相互作用（这让我想起有个MD模拟的萃取实验）
3. 看你模拟的目的再决定

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