求助Polyrate计算得到的CVT和CVT/SCT差值较大问题

liurui · 发表于 Post on 2024-1-25 14:29:07

各位老师，学生计算了经过自旋极化单重态过渡态(对称破缺过渡态)的化学反应的反应速率，速率差距很大，学生应该以那个计算的数据做为基准哇，也就是那个数据更符合真正的反应速率呢？如下是.fu6的结果，谢谢各位老师！非常感谢！

Hamilton1758 · 发表于 Post on 2024-2-1 21:11:03

liurui 发表于 2024-2-1 20:56
我也不知道具体的安装细节，但是这个错误fu6文件没有，可能还是输入文件的问题，对了要先给计算的文件权 ...

好的谢谢您是前期编译器安装的问题还没有到计算的那一步

liurui · 发表于 Post on 2024-2-1 20:56:08

Hamilton1758 发表于 2024-1-31 22:44
您好我目前是用pilgrim做的计算最近试了一下gaussrate但是在测试案例报错显示mv: cannot stat 'poly.fu ...

我也不知道具体的安装细节，但是这个错误fu6文件没有，可能还是输入文件的问题，对了要先给计算的文件权限再计算

Hamilton1758 · 发表于 Post on 2024-1-31 22:44:27

liurui 发表于 2024-1-31 17:58
是的是的，是gaussrate算的

您好我目前是用pilgrim做的计算最近试了一下gaussrate但是在测试案例报错显示mv: cannot stat 'poly.fu6': No such file or directory , mv: cannot stat 'esp.fu61': No such file or directory. 我怀疑是ubuntu中取消了gmake命令，方便请教一下如何运行成功吗，十分感谢

liurui · 发表于 Post on 2024-1-31 17:58:23

Hamilton1758 发表于 2024-1-31 17:47
老师您好看到是很新的帖子最近我也在算CVT SCT，我认为跟反应的隧穿效应有关，H反应，能垒窄，低温，透射 ...

是的是的，是gaussrate算的

Hamilton1758 · 发表于 Post on 2024-1-31 17:47:48

老师您好看到是很新的帖子最近我也在算CVT SCT，我认为跟反应的隧穿效应有关，H反应，能垒窄，低温，透射系数就比较大，而且跟过渡态有很大关系，同时想问是用gaussrate计算的吗，感谢

liurui · 发表于 Post on 2024-1-26 16:41:17

dantevinsky 发表于 2024-1-26 16:05
你是看了Klippenstein教授他们做的文章吗？

TST：是的。CVT/SCT无论是变分还是隧穿都需要反应路径信息 ...

老师，我看了fu6文件中的 Harmonic Frequencies，发现过渡态有四个虚频

，自旋极化过渡态是在.75文件中加了guess=mix ，谢谢老师！
----------------------------------------------------------------------
                     Harmonic Frequencies
----------------------------------------------------------------------
            a.u.          eV       cm**-1       kcal

  Mode 1    0.0142158    0.3868       3120.00       8.9205
  Mode 2    0.0140036    0.3811       3073.44       8.7874
  Mode 3    0.0138086    0.3758       3030.64       8.6650
  Mode 4    0.0136498    0.3714       2995.78       8.5654
  Mode 5    0.0134186    0.3651       2945.04       8.4203
  Mode 6    0.0079813    0.2172       1751.68       5.0083
  Mode 7    0.0074848    0.2037       1642.72       4.6968
  Mode 8    0.0074040    0.2015       1624.99       4.6461
  Mode 9    0.0070209    0.1911       1540.92       4.4057
  Mode  10    0.0068228    0.1857       1497.43       4.2814
  Mode  11    0.0065341    0.1778       1434.06       4.1002
  Mode  12    0.0065043    0.1770       1427.52       4.0815
  Mode  13    0.0062564    0.1702       1373.13       3.9260
  Mode  14    0.0062293    0.1695       1367.17       3.9089
  Mode  15    0.0060666    0.1651       1331.46       3.8068
  Mode  16    0.0060059    0.1634       1318.15       3.7688
  Mode  17    0.0059077    0.1608       1296.59       3.7071
  Mode  18    0.0055138    0.1500       1210.14       3.4600
  Mode  19    0.0054676    0.1488       1200.00       3.4310
  Mode  20    0.0052981    0.1442       1162.79       3.3246
  Mode  21    0.0051405    0.1399       1128.22       3.2257
  Mode  22    0.0046796    0.1273       1027.05       2.9365
  Mode  23    0.0046426    0.1263       1018.94       2.9133
  Mode  24    0.0045681    0.1243       1002.57       2.8665
  Mode  25    0.0040797    0.1110       895.40       2.5601
  Mode  26    0.0037668    0.1025       826.72       2.3637
  Mode  27    0.0036494    0.0993       800.96       2.2901
  Mode  28    0.0034930    0.0951       766.63       2.1919
  Mode  29    0.0034130    0.0929       749.06       2.1417
  Mode  30    0.0033034    0.0899       725.01       2.0729
  Mode  31    0.0031053    0.0845       681.53       1.9486
  Mode  32    0.0028311    0.0770       621.35       1.7765
  Mode  33    0.0027033    0.0736       593.31       1.6964
  Mode  34    0.0024525    0.0667       538.25       1.5389
  Mode  35    0.0024070    0.0655       528.27       1.5104
  Mode  36    0.0021767    0.0592       477.73       1.3659
  Mode  37    0.0018784    0.0511       412.26       1.1787
  Mode  38    0.0017997    0.0490       394.99       1.1293
  Mode  39    0.0014965    0.0407       328.45       0.9391
  Mode  40    0.0010981    0.0299       241.00       0.6891
  Mode  41    0.0010377    0.0282       227.74       0.6512
  Mode  42    0.0009416    0.0256       206.65       0.5909
  Mode  43    0.0007362    0.0200       161.58       0.4620
  Mode  44    0.0007192    0.0196       157.84       0.4513
  Mode  45    0.0005980    0.0163       131.24       0.3752
  Mode  46    0.0004654    0.0127       102.14       0.2920
  Mode  47    0.0004425    0.0120       97.13       0.2777
  Mode  48    0.0003695    0.0101       81.09       0.2319
  Mode  49    0.0002944    0.0080       64.62       0.1847
  Mode  50    0.0002750    0.0075       60.35       0.1726
  Mode  51    0.0001640    0.0045       36.00       0.1029
  Mode  52    0.0001318    0.0036       28.93       0.0827
  Mode  53    0.0000899    0.0024       19.74       0.0564
  Mode  54    0.0000900 i 0.0025 i       19.76 i    0.0565 i
  Mode  55    0.0001858 i 0.0051 i       40.77 i    0.1166 i
  Mode  56    0.0003872 i 0.0105 i       84.98 i    0.2430 i
  Mode  57    0.0007448 i 0.0203 i    163.45 i    0.4673 i
  Mode  58    0.0000000    0.0000          0.00       0.0000
  Mode  59    0.0000000 i 0.0000 i       0.00 i    0.0000 i
  Mode  60    0.0000000    0.0000          0.00       0.0000
  Mode  61    0.0000000 i 0.0000 i       0.00 i    0.0000 i
  Mode  62    0.0000000    0.0000          0.00       0.0000
  Mode  63    0.0000000    0.0000          0.00       0.0000

dantevinsky · 发表于 Post on 2024-1-26 16:05:45

liurui 发表于 2024-1-26 12:05
老师，我用自旋极化的方法计算的漫游反应过渡态，IRC找到的过渡态附近结构变化小，TST是不是只对过渡态结 ...

你是看了Klippenstein教授他们做的文章吗？

TST：是的。CVT/SCT无论是变分还是隧穿都需要反应路径信息。你这个反应路径肯定是算的一塌糊涂，你看看你反应路径的频率分析部分。

liurui · 发表于 Post on 2024-1-26 12:05:44

dantevinsky 发表于 2024-1-25 18:08
从输出结果上看有两方面的问题：
1. CVT与TST计算结果差异过大，
2. SCT校正因子在650K下有十九个数量级 ...

老师，我用自旋极化的方法计算的漫游反应过渡态，IRC找到的过渡态附近结构变化小，TST是不是只对过渡态结构的虚频和能垒计算，而CVT/SCT是不是对反应路径进行隧穿校正的计算呢，更符合真实的情况呐，谢谢老师！！！

dantevinsky · 发表于 Post on 2024-1-25 18:08:44

从输出结果上看有两方面的问题：
1. CVT与TST计算结果差异过大，
2. SCT校正因子在650K下有十九个数量级，

总而言之就是一个问题，你的反应路径跑的很差，计算出来的参数不对

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