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[GROMACS] 求助:硅衬底枝接聚环氧乙烷如何建模

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Molecular Dynamics Study of Hydrated Poly(ethylene oxide) Chains Grafted on Siloxane Surface
参考上述文章进行建模,具体为硅衬底枝接聚环氧乙烷,但是文中没有给出具体的建模软件和方法。已经给原作者发了邮件,但是未能得到回复,特此求助。


202401261001484372..png (94.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

Molecular Dynamics Study of Hydrated Poly(ethylene oxide) Chains Grafted on Siloxane Surface

Molecular Dynamics Study of Hydrated Poly(ethylene oxide) Chains Grafted on Siloxane Surface

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-28 11:17:17 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-1-27 00:48:19 | 只看该作者 Only view this author
先构造衬底和聚环氧乙烷三维结构,前者用VMD自带的inorganic builder插件就能建,后者可以用gview或者openbabel基于SMILES字符串构建。如果聚环氧乙烷数目不多,自行在VMD之类可视化程序里一个一个挪。如果数目很多,需要自己写程序批量把聚环氧乙烷放在合适的位置
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