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[GROMACS] 退火温度如何设置使得结晶没有空洞

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如题。

各位前辈大家好,目前在模拟一种分子的结晶,想得到堆积紧密合适的结构,但是这个退火温度不知道怎么设置,是要根据熔点来设置么?

目前是设置了 300K - 1000K - 300K这样的十个循环,但是最后得到的结构太难看了,有一大块空洞,这个怎么处理才能使得最后得到的结构均匀紧密呢?加大压力是否可以改善呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-4 15:28:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-3 06:05
确保高温模拟阶段体系确实处于液态,并且保持足够长时间以使得控压能够消除空白区域。也可以考虑减小控压的 ...

社长好,我在升温的过程中遇到了一点问题,温度还没加到2000K体系就崩了,报错说系统势能太大 nan等,这个应该怎么可以解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-3 16:26:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-3 06:05
确保高温模拟阶段体系确实处于液态,并且保持足够长时间以使得控压能够消除空白区域。也可以考虑减小控压的 ...

谢谢社长!

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发表于 Post on 2024-2-3 06:05:19 | 只看该作者 Only view this author
确保高温模拟阶段体系确实处于液态,并且保持足够长时间以使得控压能够消除空白区域。也可以考虑减小控压的时间常数促使盒子尺寸变化更快
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