请教文件中的二氧化钛团簇建模是否正确？

学物理不秃头 · 发表于 Post on 2024-2-5 23:58:55

本帖最后由学物理不秃头于 2024-2-29 16:11 编辑

各位老师好，最近我想使用G09软件模拟两个分子共吸附到二氧化钛团簇的吸附模型，由于未找到合适的二氧化钛结构，遂用MS软件构建了一个二氧化钛团簇（在网上找了一个视频），如文件一所示，但是发现团簇太大了就删减了一部分，如文件二所示，但是不太清楚删减的规则是什么，所以想请教各位老师1.删减后的模型是否正确，能否用于优化任务？2，如果可以的话，那当我构造初始的吸附模型时，两个分子的锚定基团都为羧酸根，当把氧原子连接到钛原子上时都需要去掉一个氢，那么这两个氢原子是直接删掉还是要连到二氧化钛的氧原子上面呢，十分感谢各位老师的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-7 04:49:14

学物理不秃头发表于 2024-2-6 19:02
不好意思老师，我会找时间学习CP2K的安装和使用方法的（没太涉及过这个所以没往这方面想）， ...

是
参考别人类似体系研究文献里的模型，别自己乱搭结构

学物理不秃头 · 发表于 Post on 2024-2-6 19:02:42

sobereva 发表于 2024-2-6 18:33
说具体算什么具体问题
诸如有机染料接到TiO2团簇上研究电子激发问题还凑合，很多文章都这么干，如果你用 ...

不好意思老师，我会找时间学习CP2K的安装和使用方法的（没太涉及过这个所以没往这方面想

），我需要计算的是有机染料接到二氧化钛团簇上的电荷转移量，需要先优化，再算激发性质。那按您说的可以用这个试试是嘛？感谢老师的回答

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-6 18:33:28

学物理不秃头发表于 2024-2-6 10:51
感谢老师的解答，但是学校跑计算的服务器目前只有Gaussian，文件二中删减后的二氧化钛团簇只有五十多个原 ...

说具体算什么具体问题
诸如有机染料接到TiO2团簇上研究电子激发问题还凑合，很多文章都这么干，如果你用这种模型计算物理吸附能，那毫无意义，簇的尺寸根本不够
“服务器目前只有Gaussian” 完全不构成不使用CP2K的理由，CP2K又不收费、又不是不能安装，而且有北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）可以顺利让你上手计算

学物理不秃头 · 发表于 Post on 2024-2-6 10:51:42

sobereva 发表于 2024-2-6 04:53
远不如用CP2K当周期性体系来算
这么大的全都是重原子构成的簇，Gaussian算起来超极慢，单点都极其费劲，更 ...

感谢老师的解答，但是学校跑计算的服务器目前只有Gaussian，文件二中删减后的二氧化钛团簇只有五十多个原子了，请问老师这样应该可以用Gaussian跑一跑试试吧？但是还是不太清楚删减后的二氧化钛团簇对不对，麻烦老师可否看一下33.gif文件，十分感谢您。

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-6 04:53:41

远不如用CP2K当周期性体系来算
这么大的全都是重原子构成的簇，Gaussian算起来超极慢，单点都极其费劲，更别提几何优化了，改用CP2K能快两个数量级，而且还完美地考虑周期性

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