模拟有机电解液，跑平衡态报错

Yaohui

大家好，想请教各位有关模拟有机电解液（二乙二醇二甲醚+六氟磷酸钠）遇到的问题：

溶液在0度273K跑平衡态的过程中出现了如下报错，由于该体系在25度298K和-40度233K下，模拟均正常，跑平衡态和产生相都没问题，所以应该能排除拓扑文件mdp文件设置的问题，但是为什么现在设置0度在25度和-40度之间，就不能正常运行了呢？

之前看平衡态xtc轨迹，发现真空层太多了，溶液聚集在盒子中心，用packmol将初始结构盒子减小，再跑平衡态结果是：溶液接近填充满盒子但还差一些，如图1-1所示。

在不同服务器节点上，两个版本的GROMACS报错提示略有不同，供参考，如图1-2，1-3所示。

所有原始文件（mdp和拓扑文件）以及平衡态报错产生的文件在压缩包中，供参考。

请大家指教，谢谢。

Yaohui

sobereva 发表于 2024-2-11 20:07
仅凭当前的信息来看，大概率是程序考虑不周所致。换成更新版本说不定也能解决

有可能，因为-20度和0度的模拟是过了大半年后补充的数据，中途换了超算分区，新旧节点的一些设置可能会有影响吧。（ps，新的客服编译GMX整整弄了两天，且给我的脚本一开始也无法提交任务，让我觉得不太靠谱）总之，再次感谢卢老师。

sobereva

Yaohui 发表于 2024-2-11 15:58
谢谢卢老师，经过这两天的排查，mdp和拓扑文件都没变，通过减小thread-MPI的进程数（np从104改为了20）， ...

仅凭当前的信息来看，大概率是程序考虑不周所致。换成更新版本说不定也能解决

Yaohui

sobereva 发表于 2024-2-8 20:44
没必要人为减小盒子，如果体系是液态的，靠控压自然就能自发调节盒子

按http://sobereva.com/soft/Sobto ...

谢谢卢老师，经过这两天的排查，mdp和拓扑文件都没变，通过减小thread-MPI的进程数（np从104改为了20），减小了域分解单元的数量，这样就不报错正常运行了。只是很好奇为什么同样体系常温和-40度不报错，0度和-20就报错了

sobereva

没必要人为减小盒子，如果体系是液态的，靠控压自然就能自发调节盒子

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的，不用域分解再试