slurm提交ORCA任务报错

量化小王子

小菜鸟在超算平台的自家账户下，账户自身是普通账户，没有root权限。安装ORCA和cp2k，整个过程没有报错，正常结束。测试mpiexec -V可以正常显示openmpi版本。现在面临的问题是，在账户下，直接以10核心运行orca任务，是可以整场结束，没有报错。但是将计算任务提交到计算节点，就报错，以单核心却可以正常运行。orca报错代码如下

1. ORCA finished by error termination in GTOInt
   
2. Calling Command: mpirun -np 10  /public/home/nwnuliujc/Software/ORCA-5.0/orca_gtoint_mpi 1.int.tmp 1
   
3. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
   
4.   .... aborting the run

复制代码

而slurm错误代码如下：

1. An ORTE daemon has unexpectedly failed after launch and before
   
2. communicating back to mpirun. This could be caused by a number
   
3. of factors, including an inability to create a connection back
   
4. to mpirun due to a lack of common network interfaces and/or no
   
5. route found between them. Please check network connectivity
   
6. (including firewalls and network routing requirements).
   
7. --------------------------------------------------------------------------
   
8. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
   
9.   .... aborting the run

复制代码

当时也测试了以下cp2k，直接不运行，slurm报错也如下。slurm提交脚本如下：

1. #!/bin/bash
   
2. #SBATCH -J p4
   
3. #SBATCH -p high
   
4. #SBATCH -N 1
   
5. #SBATCH --ntasks=10
   
6. #SBATCH --mem=100G
   
7. #SBATCH --output=%j.out
   
8. #SBATCH --error=%j.err
   
9. 
   
10. cd ${SLURM_SUBMIT_DIR}
    
11. echo ${SLURM_JOB_NODELIST}
    
12. echo start on $(date)
    
13. source /public/home/nwnuliujc/Software/gcc-9.3.0/env.sh
    
14. /public/home/nwnuliujc/Software/ORCA-5.0/orca 1.inp > 1.out
    

复制代码

尝试过在bashrc中添加export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1，export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1。以及添加export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1，都不行，求助应该怎么解决

量化小王子

JunS 发表于 2024-10-24 08:45
楼主解决了吗，遇到了同样的问题

解决了，是超算的服务器出了问题

JunS

楼主解决了吗，遇到了同样的问题

量化小王子

Strange 发表于 2024-2-15 16:40
看报错感觉是集群的问题，直接问问管理员？

好的，谢谢，等集群管理员上班了，我问一下他吧

Strange

看报错感觉是集群的问题，直接问问管理员？