求助：B3LYP方法和B3LYP-D3两种方法在找过渡态时，做IRC最终优化到了不同的物质

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-2-19 12:28:21

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2024-2-20 05:41 编辑

各位老师好！我在找一个拔氢过渡态，分别用B3LYP方法和B3LYP-D3的方法去找过渡态，最终两种方法先找到的过渡态结构相似。
做IRC时遇到了一些疑惑：
1、B3LYP方法下，优化IRC的最后一个点直接得到了产物（C-O成键）==协同机理。而在B3LYP-D3方法下，优化IRC的最后一个点得到了后中间体（C-O未成键）==逐步机理
2、我将在B3LYP-D3方法下得到的后中间体重新在B3LYP的方法下重新优化，我发现也是能够得到稳定的后中间体，没有直接得到产物。那这种情况下，应该怎么解释呢，有点迷惑
3、在B3LYP-D3方法下可以得到两种结构相差很大的拔氢过渡态（图ts1-TSb2和ts2-TSb2），但是这两种过渡态做IRC后，优化最后一个点，一个直接得到产物，一个得到了后中间体。这时候应该从哪个方面去考虑。我想到的是，在B3LYP方法下其实也可以得到类似这两种结构的过渡态，那这种情况应该怎么考虑呢，就直接去能量最低的那个过渡态吗？可是知道有这两种不同结构的过渡态是在用了B3LYP-D3方法的情况下才知道的，如果只用B3LYP的话，当时是没有考虑还有第二种结构的过渡态。

查了文献，文献中说B3LYP方法是最适合该体系的，与CCSD(T)的结果最为符合。可是对应的也有两种不同结构的过渡态，接下来应该怎么考虑呢。请各位老师指导！

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-2-21 03:59:29

sobereva 发表于 2024-2-21 03:05
对此体系，两个分子间相互作用对反应机理影响没小到可以忽视，B3LYP-D3(BJ)比B3LYP可信得多，带不带D3可能 ...

谢谢老师，明白了

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-21 03:05:50

对此体系，两个分子间相互作用对反应机理影响没小到可以忽视，B3LYP-D3(BJ)比B3LYP可信得多，带不带D3可能直接决定能否得到合理的产物复合物结构，在不考虑其它计算级别进一步检验的前提下，B3LYP-D3(BJ)和B3LYP有分歧时显然信前者的。一些文献里用B3LYP往往是因为那时候大家普遍没认识到算这类问题色散效应的影响不可忽视。我如果是审稿人，如今看到有作者再用B3LYP算这个而不加色散校正，我就要comment了。

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-2-20 05:44:18

sobereva 发表于 2024-2-19 14:28
认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1 ...

非常感谢老师能够指出我的错误，我重新编辑了问题，希望老师可以提供进一步地指导

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-19 14:28:24

认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

很多次看到有人说自己用B3算了某某某，这又是明显体现基本知识不过关，B3LYP、B3PW91、B3P86、B3PBE等等组合多了去了，具体指什么？如果就是指最常用的B3LYP，何故省略LYP三个字母却给别人的理解带来不便？

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