ORCA计算单点能很快报错WARNING! Potentially linear dependencies

sai77 · 发表于 Post on 2024-2-20 08:26:29

ORCA 5.0.1，体系54个原子，C H O N P Cu，阴离子
关键词为! PWPB95 D3 ma-def2-QZVPP autoaux RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop noTrah

任务提交不到30秒即报错：

Calculating RI/J V-Matrix + Cholesky decomp....
WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary basis
===>> At the moment, SHARK is not equipped to deal with this
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 0]: ... sorry, have to bail out
ORCA finished by error termination in GTOInt

但是同时提交的另外一个类似任务可以顺利运行，体系和关键词一模一样。
请问这是什么原因？应该如何解决？非常感谢！

~~~~~~~~~~~~~~~~~
在论坛里搜到了类似的问题：
http://bbs.keinsci.com/thread-16527-1-1.html
应该是弥散函数造成的。
如果只能单个任务运行，那估计只能去掉弥散函数了。

pengyu · 发表于 Post on 2025-7-28 15:36:54

非常感谢王老师的指导，顺利解决ma-def2的问题。
为后来人提供个方便，如果也有上述问题，即加了ma-弥散后出现楼主的报错情况。
我按照手册里给的关键词

%basis
PCDTrimBas Overlap # Trim the orbital basis in the overlap metric
PCDTrimAuxJ Coulomb # Trim the AuxJ basis in the Coulomb metric
PCDTrimAuxJK Coulomb # Trim the AuxJK basis in the Coulomb metric
PCDTrimAuxC Coulomb # Trim the AuxC basis in the Coulomb metric
PCDThresh -1 # Threshold for the PCD: chosen automatically if <0
end

复制代码

加到坐标前即可。
如果有按照sob老师的教程用ORCA作counterpoise校正的，里面的多任务需要每个都加上。
至少我是这么做的，任务顺利完成。
如有错误，还请各位指出。

exity · 发表于 Post on 2024-12-18 16:46:00

wzkchem5 发表于 2024-12-18 16:42
目前还没有，PCD涉及Cholesky decomposition，不好并行化。
我们这边在优化RI-J的算法，近期也把Cholesk ...

期待好消息，祝一切顺利。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-18 16:42:41

exity 发表于 2024-12-18 01:48
老师您好。我使用您提供的方法基本上解决了这个问题，但是在PCD过程时发现ORCA只调用了一个CPU核心进行计 ...

目前还没有，PCD涉及Cholesky decomposition，不好并行化。
我们这边在优化RI-J的算法，近期也把Cholesky decomposition的优化和并行提上日程了，到时候应该能顺便把PCD的效率提上去

exity · 发表于 Post on 2024-12-18 08:48:30

wzkchem5 发表于 2024-2-20 18:50
辅助基组有线性相关，用pivoted Cholesky decomposition解决，手册里可以搜到

老师您好。我使用您提供的方法基本上解决了这个问题，但是在PCD过程时发现ORCA只调用了一个CPU核心进行计算，导致大体系的PCD过程十分耗时（见附图），请问有办法提升这个速度吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-20 20:37:50

zhangjun19 发表于 2024-10-20 12:54
老师你好，我只要加了ma-弥散，就会出现WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary bas ...

我已经说了，在手册里搜pivoted Cholesky decomposition

zhangjun19 · 发表于 Post on 2024-10-20 19:54:41

wzkchem5 发表于 2024-2-20 18:50
辅助基组有线性相关，用pivoted Cholesky decomposition解决，手册里可以搜到

老师你好，我只要加了ma-弥散，就会出现WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary basis
===>> At the moment, SHARK is not equipped to deal with this
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 0]: ... sorry, have to bail out

ORCA finished by error termination in GTOInt

我应该如何更改输入文件？orca版本是5.0.4

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-20 18:50:37

辅助基组有线性相关，用pivoted Cholesky decomposition解决，手册里可以搜到

sai77 · 发表于 Post on 2024-2-20 14:37:26

Strange 发表于 2024-2-20 09:33
ORCA手册里讲了，以后碰到问题可以先到手册里查一下。

谢谢，只能回头再尝试解决了。
加了弥散后单点算得太慢了，还有几十个结构要算，返修时间要赶不上了，只能去掉弥散了。
从几个算成功的结果来看，确实如20年那个帖子所言，加了弥散对结果影响有限

sai77 · 发表于 Post on 2024-2-20 14:29:06

gog 发表于 2024-2-20 09:06
可以先换个机器试试，确认是不是输入脚本的问题

应该不是脚本的问题，同样的脚本提交另外一个任务就可以正常运行

w5326178 · 发表于 Post on 2024-2-20 14:15:41

加上def2/J会有用吗？

编辑。我傻了，没看到autoaux

Strange · 发表于 Post on 2024-2-20 09:33:04

ORCA手册里讲了，以后碰到问题可以先到手册里查一下。

gog · 发表于 Post on 2024-2-20 09:06:18

可以先换个机器试试，确认是不是输入脚本的问题

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