gromacs命令editconf是进行超晶胞的构建还是简单复制原胞

姜酱将 · 发表于 Post on 2024-2-22 21:19:07

如题，在进行超胞建立的过程中，碰到了这个问题，我的模型属于无定形晶胞，在用editconf的过程中发现这个命令似乎是简单的复制平移，而并不是建立超胞？此外，请教一下在已有原胞的itp和gro文件时，超胞的itp文件如何获得，直接把top文件中的molecular的数量变一下就行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-22 22:52:57

建立超胞用gmx genconf
itp需要对超胞重新构建，除非你算的是分子晶体且[moleculetype]是对单分子产生的，此时改一下分子数就够了。那叫molecules

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[GROMACS] gromacs命令editconf是进行超晶胞的构建还是简单复制原胞