gmx rdf的组对组计算的问题

渡边京介 · 发表于 Post on 2024-2-29 17:39:38

如果将多种不同的原子（可能有C，H，O，N，P各种）归为ref组，而sel组中同样也是由多种原子组成的，在这种情况下，gmx rdf是会遍历ref中的每一个原子周围的sel原子分布，然后平均一下，还是进行质权的平均，或是别的计算方式？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-1 02:06:52

rdf计算没质权的事，就是直接平均

(atom)代表对一个个原子为对象进行计算，而不是以比如分子质心为对象之类计算

渡边京介 · 发表于 Post on 2024-2-29 17:41:46

manual中这个默认的atom是忽视原子种类差异，直接进行数均的意思吗

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[GROMACS] gmx rdf的组对组计算的问题