Ni(111)切面模型用castep几何优化后发现有部分原子缺失是什么原因？

明民之中 · 发表于 Post on 2024-2-29 18:22:28

各位大佬，本人新手，我先大致说一下我的操作。
用ms导入自带的Ni晶胞，用castep晶格参数已经经过优化，沿(111)切面，厚度为4,扩胞2×2×1，真空层为15埃米，建成ni(111)模型。对模型进行几何优化后，发现模型部分原子缺失。
我的设置如下，我固定了底下两层原子进行优化

然后优化的时候发现部分原子缺失

想问有遇到过同样问题的嘛或者大佬给点建议

Evonne · 发表于 Post on 2024-3-5 11:00:25

感觉是显示问题原子数应该没变

后悔没成仙 · 发表于 Post on 2024-3-4 20:56:10

有可能是显示的问题，实际并未缺少。

明民之中 · 发表于 Post on 2024-3-3 11:47:03

ttj 发表于 2024-3-2 15:45
请问扩胞是有什么用吗

看自己的研究方向吧如果自己本来模型就很大了那就没有扩胞必要我是因为做表面吸附需要扩胞来得到合适的空位

ttj · 发表于 Post on 2024-3-2 15:45:38

请问扩胞是有什么用吗

明民之中 · 发表于 Post on 2024-3-1 19:23:01

qczcb2 发表于 2024-3-1 17:32
你可以自己算一下晶胞中有多少个原子。面心立方111面单胞应该每层都是1个原子，2*2刚好就是4个。多出来的 ...

好的谢谢

qczcb2 · 发表于 Post on 2024-3-1 17:32:40

明民之中发表于 2024-3-1 17:25
你好，你说的这个我不太明白但是一般我看文献的来说他们建立的这个slab模型是没有出现这种情况的

你可以自己算一下晶胞中有多少个原子。面心立方111面单胞应该每层都是1个原子，2*2刚好就是4个。多出来的5个原子实际上是边界上的3个原子的周期性镜像，只是显示上的问题。实际上的原子还是（0，0）（0，0.5）（0.5，0）（0.5，0.5）这4个。如果你建立3*3表面，每层应该有9个原子，但是有时候会显示16个原子，也是一样的道理。

明民之中 · 发表于 Post on 2024-3-1 17:25:43

qczcb2 发表于 2024-2-29 20:45
是左侧原子的周期性镜像，仅在显示上有区别。计算上结果是一致的。

你好，你说的这个我不太明白但是一般我看文献的来说他们建立的这个slab模型是没有出现这种情况的

明民之中 · 发表于 Post on 2024-3-1 17:23:40

123wo 发表于 2024-3-1 10:55
改一下显示模式试试，例如originnal,in cell,default等，看是否有改善

这个我试过但没有作用

xl1244 · 发表于 Post on 2024-3-1 14:11:07

进来学习学习

123wo · 发表于 Post on 2024-3-1 10:55:00

改一下显示模式试试，例如originnal,in cell,default等，看是否有改善

qczcb2 · 发表于 Post on 2024-2-29 20:45:50

是左侧原子的周期性镜像，仅在显示上有区别。计算上结果是一致的。

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