Gromacs可用的Amber14SB_ROC_lipid17力场包

喵星大佬

本套力场文件中蛋白为Amber14SB，10种磷酸化氨基酸已补充完毕
核酸为ROC参数，其在RNA模拟方面较古老的OL3参数有一定提高
脂质使用Lipid17参数， 除胆固醇外所有脂质均为3个残基组成
同时提供已经拉直的可以直接用于packmol等建模工具的246种脂质的gro文件

为了方便修改，整个力场进行了模块化的转换，所有氨基酸/离子/水的原子类型名称和原来的一样，核酸的原子类型均添加"_n"后缀，脂质中的原子类型均添加"_l"后缀以示区分
由于目前Amber系列力场中(D. E. Shaw Res.开发的DES-Amber除外)不涉及特定原子类型之间的LJ势定义，因此不会引发其它问题


如果有疑问直接根据力场包内的邮箱联系

amber14SB_ROC_lipid17.ff.rar (772.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 452)

2024-3-4 22:10 上传 Uploaded

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喵星大佬

haodont 发表于 2026-2-2 14:12
感谢楼主分享！我有两个问题１．使用该力场该如何引用２．记录一个问题：在运行gmxmmpbsa时候由于该力场中 ...

引用看文件夹里的doc，最上面写了

通常都用刚性水就没有检查成键项相关定义了

haodont

感谢楼主分享！我有两个问题１．使用该力场该如何引用２．记录一个问题：在运行gmxmmpbsa时候由于该力场中的水分子力场如tip3p.itp中的func.缺失，Parmed转换时候发生了报错‘IndexError: list index out of range’，解决方法１.修改parmed文件‘/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.11/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py’中line600,angle也会报错以此类推２．为每个itp添加ｆｕｎｃ

1. ＃ｌｉｎｅ３０４

复制代码

       from .. import load_file
        super(GromacsTopologyFile, self).__init__()
        self.filename = fname
        self.parameterset = None
        self.defaults = _Defaults(gen_pairs='yes') # make ParmEd's default yes
        if fname is not None:
            self.read(fname, defines, parametrize)
            # Fill in coordinates and unit cell information if appropriate
            if xyz is not None:
                if isinstance(xyz, str):
                    f = load_file(xyz, skip_bonds=True)
                    if not hasattr(f, 'coordinates') or f.coordinates is None:
                        raise TypeError(f'File {xyz} does not have coordinates')
                    self.coordinates = f.coordinates
                    if box is None and hasattr(f, 'box'):
                        self.box = f.box
                else:
                    self.coordinates = xyz
            if box is not None:
                self.box = box
            self.unchange()
        elif xyz is not None or box is not None:
            raise ValueError('Cannot provide coordinates/box and NOT a top')
＃ｌｉｎｅ６００
    def _parse_bonds(self, line, bond_types, atoms):
        """ Parses a bond line. Returns a Bond, BondType/None """
        words = line.split()
        try:
            i, j = int(words[0])-1, int(words[1])-1
            funct = int(words[2])
        except:
            print('Error parsing bond line:', words, self.filename)
            i, j = int(words[0])-1, int(words[1])-1
            funct = 1

popelrain

非常感谢喵星大佬的无私分享

喵星大佬

wanglg 发表于 2024-10-24 18:13
您好，请问力场中氨基酸CA的atom type为什么是XC呀？Amber14SB中应该是CX，而amber99中也不是XC？

我回你邮件了

wanglg

您好，请问力场中氨基酸CA的atom type为什么是XC呀？Amber14SB中应该是CX，而amber99中也不是XC？