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[GROMACS] Gromacs导出的rmsd坐标图如何修改横坐标Time的最大值?

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Gromacs导出的rmsd坐标图如何修改横坐标Time的最大值?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 21:28:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-6 03:25
默认轨迹有多长就分析多长。
gmx里各种分析轨迹的工具都可以用-b和-e指定被分析的轨迹的起始和终止时间 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-3-6 03:25:42 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-3-5 17:20
是这样老师,这里显示轨迹提取了200ps,该怎么做才能修改提取时间呢?

默认轨迹有多长就分析多长。
gmx里各种分析轨迹的工具都可以用-b和-e指定被分析的轨迹的起始和终止时间,显然不能超过实际跑了的时间范围
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-5 22:55:21 | 只看该作者 Only view this author
你跑了多长时间就能有多长时间的数据。如果你只跑了200ps那无论如何也只能有200ps。

如果要限定时间段请在gmx rms时灵活运用-b和-e参数

https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-rms.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-5 17:20:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-5 10:39
这是具体作图程序的事
图像不是gromacs直接导出的

是这样老师,这里显示轨迹提取了200ps,该怎么做才能修改提取时间呢?

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发表于 Post on 2024-3-5 10:39:49 | 只看该作者 Only view this author
这是具体作图程序的事
图像不是gromacs直接导出的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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