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[GROMACS] 在mdp中deform设置拉伸膜后如何分析膜的力学性能?

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楼主
我的体系是真空中一个PS薄膜,之前通过各位指点采用deform设置,在x方向上对盒子进行延长进而减小压强,起到对film拉伸的目的,目前已经得到了我想要的结果,但是我需要对拉伸这个过程中film的力学性能进行表征,比如这一过程中film受到的应力是多少,怎么计算的?各位大佬有无相关的方法或文献?谢谢指点!
附上我的mdp参数以及拉伸前后的gro文件
mdp:
title       = OPLS  MD simulation
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 25000000    ; 2 * 25000000 = 50000000 fs (50 ns)
dt          = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstxout             = 50000      ; save coordinates every 500 ps
nstvout             = 50000      ; save velocities
nstenergy           = 50000      ; save energies
nstlog              = 50000      ; update log file
nstxout-compressed  = 50000      ; save compressed coordinates
                                ; nstxout-compressed replaces nstxtcout;
compressed-x-grps   = System    ; replaces xtc-grps
; Bond parameters
continuation            = no       ; Restarting after NPT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = h-bonds ; h-bonds constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb        = 1.2       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is off
tcoupl      = no             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = System   ; three coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.1            ; time constant, in ps
ref_t       = 300            ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl              = berendsen     ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype          = semiisotropic            
tau_p               = 4.0                   ; time constant, in ps
ref_p               = 1.0       1.0         ; reference pressure, in bar
compressibility     = 0     4.5e-5           ; isothermal compressibility of water, bar^-1
deform=0.01 0 0 0 0 0
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp    = 300       ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed    = -1        ; generate a random seed

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发表于 Post on 2025-9-19 11:24:10 | 只看该作者 Only view this author
请问解决了吗,我也被困扰很久

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