求助: 模拟金属蛋白-配体复合物过程中金属离子发生脱离，做退火处理参数设置

liu19950830 · 发表于 Post on 2024-3-7 11:09:40

我的模拟体系中有3个镁离子。两个配体：PPI（焦酸磷头）和碳正阳离子。模拟力场选择是amberff14sb。在对镁离子不加限制的时候，MD模拟50ns的时间，镁离子会出现在前16ns在蛋白口袋内后面飞出又飞进活性口袋，但是PPI和碳正阳离子会很好的稳定在活性口袋内。因此为了不让镁离子飞出，我对3个镁离子（原子号1，2，3）与PPI原子之间加了限制势，

增加了npt从100ps到200ps模拟，重新MD模拟了50ns。在开始的10ns左右出现了镁离子和PPI一起飞出蛋白口袋，但是在20-50ns之间镁离子和底物都在口袋内。我通过cpt延长到100ns，镁离子和PPI又在蛋白口袋内飞进飞出。我做了100ns的镁离子相对蛋白的RMSD图。

我看了sob老师的帖子“谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因”。一方面想求助对大家出现这种镁离子加限制还飞出口袋的原因；另一方面，我想进行尝试温度从0 K开始缓慢线性上升，再做退火处理，观察镁离子-底物是否可以稳定在蛋白口袋内。因为我做蛋白模拟一直是常温常压没做过退火，不知道退火设置需要修改哪些，所以求助帮我看一下mdp文件是否合适（protein_mg组包含了蛋白-金属离子-配体）。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-7 16:30:50

liu19950830 发表于 2024-3-7 15:14
sob老师，请教您说的限制没加对是什么意思，我没理解是什么情况属于限制没加对

拓扑文件没写对

liu19950830 · 发表于 Post on 2024-3-7 15:14:09

sobereva 发表于 2024-3-7 12:30
飞出去只可能限制没加对
退火设置没有问题

sob老师，请教您说的限制没加对是什么意思，我没理解是什么情况属于限制没加对

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-7 12:30:05

飞出去只可能限制没加对
退火设置没有问题

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[GROMACS] 求助: 模拟金属蛋白-配体复合物过程中金属离子发生脱离，做退火处理参数设置

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