使用molclus对Zn5X(X=O,S,Se,Te)小团簇结构预测时遇到的问题

发奋的尔且 · 发表于 Post on 2024-3-8 16:31:12

老师们好，我在用社长的团簇结构预测程序gemmer对Zn5X(X=O,S,Se,Te)的结构预测时，无论我把初始结构调成1000还是5000，预测出来的结构全是散的，优化出来也是散的。我想问下这是什么原因，是因为Zn的个数太多了成不了键还是没有这几个结构嘛。因为在Zn的个数不为5时，即像Zn2O4或Zn3O3这些结构在预测时就不会出现这个问题。非常感谢各位大佬的解答。下面是我操作时具体的步骤。

图1是我正常用gemmer程序产生了10000个Zn5O的初始团簇。
图2是使用molclus调用MOPAC半经验软件对1000个初始团簇进行优化的结果，使用的是MOPAC的PM7方法。
图3是将上述优化好的结构用molclus里的isostat工具其按照能量0.5、几何结构0.5进行的排序、筛选和去重，发现只剩下了一个结构。
图4是我用高斯打开的这个结构。再次谢谢各位老师的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-9 06:05:13

那叫genmer不叫gemmer

当前体系很小，没必要产生那么多初始结构，撑死了几百个足矣
注意GFN-xTB对这种体系可靠性也很有限，没法保证得到定性正确结果。但起码比PM7强多了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-8 21:16:08

PM7对于过渡金属体系而言精度太差了。建议用GFN2-xTB

发奋的尔且 · 发表于 Post on 2024-3-8 20:18:49

wzkchem5 发表于 2024-3-8 17:11
按http://sobereva.com/620的要求补全所有背景信息后我们再回答

谢谢老师回答，我把内容补充了一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-8 17:11:35

按http://sobereva.com/620的要求补全所有背景信息后我们再回答

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Molclus] 使用molclus对Zn5X(X=O,S,Se,Te)小团簇结构预测时遇到的问题