关于oplsaa力场应用的问题

LU_ · 发表于 Post on 2024-3-8 18:12:58

最近我建立一个带有碳氮双键的有机单体，用的是oplsaa力场，但是我在moltemplate这个软件的力场文件里，没有找到有碳氮双键的参数，然后找了个C-NH2的参数赋给了N，但是不知道为什么，使用moltemplate与lammps 模拟之后单体跟我目标的不太一样，出现了一些多余的键，会不会是我用的参数的问题，还是我的npt，nvt系综写错了，想问问有没有大佬用过（如果您觉得有相关书籍或者论文能帮助我，也非常希望您能指出，非常感谢）

一些尝试：我感觉oplsaa力场应该是有碳氮双键的，然后在我用了Ligpargen，然后我发现它里面都是新类型（跟卢天老师说的一样都是opls_8xx），可能用不到moltemplate上，我在想要不要用moltmplate手动把oplsaa/M的力场文件转成motemplate的力场形式。

LU_ · 发表于 Post on 2024-3-10 18:31:13

七尺贱发表于 2024-3-8 18:42
用AUTOFF试试
软件免费使用链接https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... e-tool/auto-ff-home
软件使用手册 ...

我试了一下，用oplsaa力场还是不太可以，碳氮双键还是匹配不到，可能只有Ligpargen可以匹配到，不过还是非常感谢，这个确实很方便，我目前用了GAFF2力场。

LU_ · 发表于 Post on 2024-3-9 00:28:50

七尺贱发表于 2024-3-8 18:42
用AUTOFF试试
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嗯嗯，感谢感谢，我去试试

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-3-8 20:19:05

用AuToFF可以直接输出moltemplate的lt文件，里面的参数是完备的，并不需要import额外的力场库，压缩包里面还附带了packmol建模用的pdb文件。可以参考手册中的例子。
https://autoff.readthedocs.io/en ... ml#autofflammpsdata

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-3-8 18:42:24

用AUTOFF试试
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软件使用手册链接https://autoff.readthedocs.io/en/latest/index.html

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