多肽穿膜模拟研究力场选择

cyx8 · 发表于 Post on 2024-3-12 15:38:41

老师您好：

我想用gromacs做一个穿膜肽的模拟，我想在磷脂膜上方放一个垂直于膜的多肽，后期看看其穿越膜的过程。这样的话，我在建模的时候有两种思路：
1.先用不同力场对多肽和磷脂膜分别进行平衡，最终将他们的平衡结构组合在一起，并添加水分子
2.在建模的时候就将多肽放置在磷脂膜上方。整体进行预平衡处理。
这两种方法哪一个更好一点？而且我想知道的是，对于他的这个多肽和磷脂膜的整体组合结构是应用一个力场还是需要设置不同力场，不同力场的话该怎么设置？
谢谢老师。

cyx8 · 发表于 Post on 2024-3-12 19:46:30

喵星大佬发表于 2024-3-12 16:08
对跨膜肽跨膜的采样你如果跑平衡MD可能跑到死你都跑不出来

必须要用增强采样的方法

好的谢谢大佬我再研究研究

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-12 16:08:57

对跨膜肽跨膜的采样你如果跑平衡MD可能跑到死你都跑不出来

必须要用增强采样的方法

可以参考这个帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%C9%A1%D0%CD

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[GROMACS] 多肽穿膜模拟研究力场选择

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