求助Gaussian用PM7预优化报错： Diagonalization in DiagDN failed.

swbr · 发表于 Post on 2024-3-15 15:55:55

本帖最后由 swbr 于 2024-3-15 15:57 编辑

报错信息：
ITU=************************************************************ ITU=******************************  0***************************
ITU=*********************************
Skip linear search -- no minimum in search direction.
Steepest descent instead of Quadratic search.
Steepest descent step scaled to max of 0.05000.
DSYEV returned Info=          3 IAlg= 2 N=    4 NDim=    4 NE2=          2.
Diagonalization in DiagDN failed.
Error termination via Lnk1e in /home/ubuntu/gaussian/g16/l103.exe at Fri Mar 15 09:44:49 2024.
Job cpu time:    2 days 15 hours 36 minutes 58.1 seconds.
Elapsed time:    0 days  8 hours 19 minutes  2.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 980 Int=    0 D2E=    0 Chk= 306 Scr=    1

输入文件：

1132.gjf (35.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

swbr · 发表于 Post on 2024-3-15 17:37:16

wzkchem5 发表于 2024-3-15 17:32
没错，红外是局域的性质，也就是离出峰基团足够远的基团基本没有贡献，删掉基本不影响结果

好的，谢谢您

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-15 17:32:50

swbr 发表于 2024-3-15 10:10
好的，感谢您的耐心解答。可以请教一下我将可能出峰基团处理好了之后剩下的分子是不是就可以直接删除了呀

没错，红外是局域的性质，也就是离出峰基团足够远的基团基本没有贡献，删掉基本不影响结果

swbr · 发表于 Post on 2024-3-15 17:10:00

wzkchem5 发表于 2024-3-15 17:04
如果需要红外区，那么你截取出来的分子可以很小，即使不做初步优化也可能可以，不过做一下初步优化还是有 ...

好的，感谢您的耐心解答。可以请教一下我将可能出峰基团处理好了之后剩下的分子是不是就可以直接删除了呀

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-15 17:04:17

swbr 发表于 2024-3-15 09:59
好的好的，感谢您，我需要的是红外区。可以再请教下我对分子进行完重新绘制之后还需要用半经验方法优化下 ...

如果需要红外区，那么你截取出来的分子可以很小，即使不做初步优化也可能可以，不过做一下初步优化还是有好处的

swbr · 发表于 Post on 2024-3-15 16:59:14

wzkchem5 发表于 2024-3-15 16:51
你要看THz区还是红外区？
如果看红外区，把红外可能出峰的基团（羰基、芳基等）往周围数大概三根键，然 ...

好的好的，感谢您，我需要的是红外区。可以再请教下我对分子进行完重新绘制之后还需要用半经验方法优化下再用DFT进行计算嘛

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-15 16:51:43

swbr 发表于 2024-3-15 09:46
好的，谢谢您，我最终的计算目标是做这个肽的振动光谱，因为用DFT直接计算时间过长所以想着先用PM6预优化 ...

你要看THz区还是红外区？
如果看红外区，把红外可能出峰的基团（羰基、芳基等）往周围数大概三根键，然后截断，用氢原子饱和断键，再算。可以大大节省计算量，又几乎不影响精度。
如果看THz区，那么这么大又这么柔性的分子，不能只用一个构象做振动分析来算，不然结果不能代表所有构象。但把所有构象都找全又是不可能的，所以应当用gromacs等程序在显式溶剂里跑MD，用autocorrelation function的方法来算。跑MD用的方法可以用适合计算肽的力场

swbr · 发表于 Post on 2024-3-15 16:46:06

wzkchem5 发表于 2024-3-15 16:41
你要研究这个分子在气相里还是在水相里的结构？
这么大一个肽，我估计你最后是想做水相吧，那样的话虽然预 ...

好的，谢谢您，我最终的计算目标是做这个肽的振动光谱，因为用DFT直接计算时间过长所以想着先用PM6预优化下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-15 16:41:29

你要研究这个分子在气相里还是在水相里的结构？
这么大一个肽，我估计你最后是想做水相吧，那样的话虽然预优化在气相里做未尝不可，但氨基和羧基的质子化状态必须画对，你现在都是错的。
另外PM7已经过时了，建议用GFN2-xTB，又比PM7快，又比PM7准。

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