计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 658|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助:构通过势能面扫描找过渡态,扫出来能垒过低怎么处理?

[复制链接 Copy URL]

33

帖子

0

威望

519

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

本帖最后由 zyp1999 于 2024-3-22 15:55 编辑

     老师好,我想算偶氮苯光异构反应的反应机理,以基态下优化好的反式结构出发做二面角扫描:
命令:# B3LYP/6-311G** opt=modredundant scrf=solvent=thfnosymm em=gd3bj  扫描结束之后(结果如图一)保存能量最高点的结构做过渡态优化,优化之后查看频率也是只有一个虚频,算IRC 命令:#p irc=(calcfc,LQA,maxpoint=50) b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=thf) nosymm em=gd3bj,结果看起来好像没什么问题(图二),但这个反应扫描出来的能垒算下来只有1点几个eV,和对基态反式结构计算的垂直激发能相比低很多,按理说反式结构应该受到光激发变成激发态后才发生异构,那么异构的能垒不该小于激发能吧?
    是不是在基态结构下的扫描没什么参考价值?还是计算方法不对,或者是要做激发态的势能面扫描?

1.png (29.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

1.png

2.png (30.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

2.png

33

帖子

0

威望

519

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-2 11:22:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-4-1 16:40
这是结构优化不收敛,原因是有的键角接近180度,解决方案在这个论坛上出现了无数次了,直接搜“键角接近1 ...

好的,我再去学习一下

1万

帖子

0

威望

7396

eV
积分
18149

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2024-4-1 16:40:15 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2024-4-1 02:29
报错是 New curvilinear step not converged 或者 Convergence failure -- run terminated

这是结构优化不收敛,原因是有的键角接近180度,解决方案在这个论坛上出现了无数次了,直接搜“键角接近180度”
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

77

帖子

0

威望

590

eV
积分
667

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2024-4-1 15:16:38 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2024-4-1 14:26
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.8b00119

感谢

33

帖子

0

威望

519

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-1 14:26:29 | 只看该作者 Only view this author

77

帖子

0

威望

590

eV
积分
667

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2024-4-1 14:12:28 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2024-3-23 15:39
多谢回复,那是不是说基态下异构扫描的能垒对于解释异构反应没有参考价值?
我想参照下面文献去算异构途 ...

你好,可以分享一下这篇文献的链接吗

33

帖子

0

威望

519

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-1 09:29:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-30 03:10
确定是SCF不收敛而不是结构优化不收敛?

报错是 New curvilinear step not converged 或者 Convergence failure -- run terminated

1万

帖子

0

威望

7396

eV
积分
18149

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2024-3-30 03:10:18 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2024-3-29 10:31
好的,感谢解答。我还有一个问题,就是我还是基于这个基态反式的偶氮苯另外做CNN键角的柔性扫描,想从115 ...

确定是SCF不收敛而不是结构优化不收敛?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

33

帖子

0

威望

519

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-29 17:31:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-23 16:25
由图不能唯一确定文献是怎么做的,需要看文字。
研究偶氮苯异构的文献一大堆,随便一查就可以发现,基本 ...

好的,感谢解答。我还有一个问题,就是我还是基于这个基态反式的偶氮苯另外做CNN键角的柔性扫描,想从115到250°让键角发生反转,计算的方法和上面二面角扫描是一样的,每步旋转角度设置是7.5,但是在键角到180附近就停止收敛了,我按照sob老师解决不收敛的办法这篇博文http://sobereva.com/61 ,试了换更小基组、SCF=noincfock、guess=huckel、调整收敛限这些方法之后,依旧在键角175.5°时就停止,还有什么解决办法吗?

1万

帖子

0

威望

7396

eV
积分
18149

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2024-3-23 16:25:59 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2024-3-23 08:39
多谢回复,那是不是说基态下异构扫描的能垒对于解释异构反应没有参考价值?
我想参照下面文献去算异构途 ...

由图不能唯一确定文献是怎么做的,需要看文字。
研究偶氮苯异构的文献一大堆,随便一查就可以发现,基本上都是用非绝热动力学做的。基态异构化的能垒不能说完全没用(例如可以用来说明不光照的时候异构化很慢,光照的能量足以让分子越过能垒,等等),但是不能解决这个分子具体是通过什么样的途径越过能垒的,比如是在能垒的靠反应物一侧从激发态回到基态的,还是在能垒的正上方回到基态,还是在能垒靠产物一侧回到基态?回到基态以后,有百分之多少的偶氮苯回到了反应物,百分之多少变成了产物?这些基本只能靠非绝热动力学解决。
基本上可以说,如果你研究的是偶氮化合物的光致异构,如果不用非绝热动力学,文章基本发不出来,因为审稿人必然会问我以上的两个问题(分子什么时候从激发态掉回基态,掉回基态以后有多大比例回到反应物)。甚至如果在非绝热动力学方法上不做创新,只用别人已经开发好的理论方法跑,也很可能发不出来
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

33

帖子

0

威望

519

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-23 15:39:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-22 17:36
正因为激发后可以发生异构,所以基态异构的能垒应当低于,或至少不显著高于激发能。否则岂不是即使激发了, ...

多谢回复,那是不是说基态下异构扫描的能垒对于解释异构反应没有参考价值?
我想参照下面文献去算异构途径得到能量变化,文献里说偶氮化合物反式→顺式转化的能垒为2.5 eV,这个能垒可以通过从S0反式到S1反式的光激发克服,那他下面这个黑色曲线是怎么得到的?
C:\Users\YT-PC592\Desktop\3.png

3.png (297.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

3.png

1万

帖子

0

威望

7396

eV
积分
18149

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-3-22 17:36:29 | 只看该作者 Only view this author
正因为激发后可以发生异构,所以基态异构的能垒应当低于,或至少不显著高于激发能。否则岂不是即使激发了,能量也不足以让异构发生?

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
黑色桃花 + 5 牛!

查看全部评分 View all ratings

BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 18:44 , Processed in 0.247221 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list