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[新手求助] 结合能的计算问题

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想请教一下各位老师,A和B以不同的方式结合的时候,我想要看哪种结合最稳定,到底是应该看结合能的大小来判定,还是应该看A-B复合物中能量哪个更低呢?在计算的过程中发现当A和B以不同形式结合时,出现了总能量(负值)降低(更加稳定),结合能也降低的情况,所以不知该如何判断了,希望各位老师予以指导,谢谢各位老师!

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发表于 Post on 2019-2-7 17:49:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-7 15:42
看参考状态是怎么选的。假设是想计算原子从无穷分离状态组合成当前体系对应的结合能,原子就用真空下计算 ...

好的,谢谢老师回复~

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发表于 Post on 2019-2-7 15:42:57 | 只看该作者 Only view this author
wanidamm 发表于 2019-2-7 11:06
嗯嗯,不好意思没说清楚,比如我想计算CoxSy化合物中每个Co原子平均结合能,定义E_b=((E_CoxSy )-xE_Co-y ...

看参考状态是怎么选的。假设是想计算原子从无穷分离状态组合成当前体系对应的结合能,原子就用真空下计算的能量,一般意义的结合能也是这么来算的。如果用体相的原子能量来算的话,就不算是结合能了,而是从体相到你研究的状态过程中结合能的变化。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-2-7 11:06:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-4 14:27
拿具体例子说事,看不懂你的问题

嗯嗯,不好意思没说清楚,比如我想计算CoxSy化合物中每个Co原子平均结合能,定义E_b=((E_CoxSy )-xE_Co-yE_S))⁄x,一般E_Co和E_S是不是应该用体相原子的能量?但如果是单原子催化剂中的Co,是不是应该用孤立原子Co的能量,S又是以S8分子的形式存在,是不是取S8分子能量的1/8?

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发表于 Post on 2019-2-4 14:27:33 | 只看该作者 Only view this author
wanidamm 发表于 2019-2-4 09:28
哦哦,谢谢老师回复,如果不是分子,应该怎么处理?

拿具体例子说事,看不懂你的问题
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发表于 Post on 2019-2-4 09:28:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-4 04:57
这里说的A、B是指分子

哦哦,谢谢老师回复,如果不是分子,应该怎么处理?

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发表于 Post on 2019-2-4 04:57:35 | 只看该作者 Only view this author
wanidamm 发表于 2019-2-3 19:15
老师,请问A,B各自孤立存在指的是孤立原子吗,还是说它们单质状态下的每个原子的能量?

这里说的A、B是指分子
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发表于 Post on 2019-2-3 19:15:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 13:22
讨论这个应当用A、B各自孤立存在时的结构的能量和作为参考状态。此时,复合物的能量高低和相互作用能的高低 ...

老师,请问A,B各自孤立存在指的是孤立原子吗,还是说它们单质状态下的每个原子的能量?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-26 15:42:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-26 11:33
这个完全取决于你想算什么
诸如与结合过程对应的实验数据对比,那显然需要优化片段,因为此时参考状态 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-11-26 11:33:50 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-11-25 19:00
老师,那一般计算结合能的时候应该考虑形变能才更合理吗?(看了一些文献发现在计算的时候并没有考虑形变 ...


这个完全取决于你想算什么
诸如与结合过程对应的实验数据对比,那显然需要优化片段,因为此时参考状态是每个单体都在孤立状态的情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-25 19:00:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sofia 于 2017-11-25 19:01 编辑
sobereva 发表于 2017-11-25 17:08
参考体系(即两种分子在孤立状态)都是一样的,总能量低自然结合能(已经考虑了变形能在内)就大

老师,那一般计算结合能的时候应该考虑形变能才更合理吗?(看了一些文献发现在计算的时候并没有考虑形变能呢)

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发表于 Post on 2017-11-25 17:08:30 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-11-25 17:05
老师,那在这种情况下,我要判断哪种结构存在的比例更大(更稳定),我是根据总能量呢,还是根据结合能的 ...

参考体系(即两种分子在孤立状态)都是一样的,总能量低自然结合能(已经考虑了变形能在内)就大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-25 17:05:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-25 16:56
那就说明变形能比较大,考察变形能

老师,那在这种情况下,我要判断哪种结构存在的比例更大(更稳定),我是根据总能量呢,还是根据结合能的大小呢?

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发表于 Post on 2017-11-25 16:56:04 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-11-25 16:28
老师,最近算了一个体系,发现当以A、B各自孤立存在时的结构的能量和作为参考状态时,复合物的能量高低和 ...

那就说明变形能比较大,考察变形能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-25 16:28:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-6 13:22
讨论这个应当用A、B各自孤立存在时的结构的能量和作为参考状态。此时,复合物的能量高低和相互作用能的高低 ...

老师,最近算了一个体系,发现当以A、B各自孤立存在时的结构的能量和作为参考状态时,复合物的能量高低和相互作用能的高低趋势也不一样,有一个复合物的相互作用能很大,但是他的A和B的总能量却相对较小,这种情况该如何分析呢?
谢谢老师!

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