求助如何使cp2k优化周期性晶胞后里面溶剂分子不被截断

cabbage · 发表于 Post on 2024-3-25 10:23:31

本帖最后由 cabbage 于 2024-3-25 10:24 编辑

各位老师好，我的体系比较庞大，目标分子加上溶剂分子大概400+个原子，是周期性体系。想利用cp2k优化这个体系，分别设置过CELL_OPT和GEO_OPT，我现在明白优化任务改变与溶剂分子截断没有关系。但是我现在想要手动将优化后的体系中最外层的溶剂分子删除，奈何打开后发现最外层溶剂分子或许由于周期性原因被隔断了，我担心自己手动删除看起来被隔断的分子时，会删除的不完整导致最后溶剂分子在周期性体系中破碎，从而报错，所以想请问各位老师有没有不将溶剂分子隔断的方式，或者手动删除怎样才不会破坏真实体系内的分子？

cabbage · 发表于 Post on 2024-3-25 20:14:22

sobereva 发表于 2024-3-25 11:37
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thre ...

非常感谢sob老师的回复，受益匪浅。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-25 11:37:50

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

上文介绍了怎么用Multiwfn将被盒子截断的分子保留完整

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[CP2K] 求助如何使cp2k优化周期性晶胞后里面溶剂分子不被截断

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