gmx模拟DESs溶液表面张力时出现负值的问题

tllll · 发表于 Post on 2024-3-26 17:16:34

本帖最后由 tllll 于 2024-3-26 17:17 编辑

各位老师好，我在模拟DES（氯化胆碱和丙二醇）与乙醇的混合溶液时（DES与乙醇是互溶的），对其表面张力在323.15K—373.15K，常压下进行了模拟，低温区的表面张力为正，从343.15K起，表面张力开始变为负值，不知道该如何解决，麻烦各位老师赐教,感激不尽
以下是我的模拟过程,放了过程中用到的mdp文本文件：
1.首先利用packmol产生6*6*6大小的盒子，总分子数为900；
2.在nvt系综下分别跑eq和prod为10ns和20ns，对得到的eq.gro盒子利用editconf进行了扩充，盒子设置为6*6*17的大小，上下各有5.5nm的真空层（因为是互溶的混合溶液，所以仿照sob老师在例子里做的纯水体系，不知道这样是否可行），得到edr文件后，利用Pres-XX,Pres-YY,Pres-ZZ,代入sob老师在纯水体系下的那个公式中得到了每一帧表面张力的值，再取了平均，结果就为负值了

em.txt (365 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

eq.txt (882 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

prod.txt (772 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

麻烦老师们帮我看看是哪里出了问题，谢谢大家

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[GROMACS] gmx模拟DESs溶液表面张力时出现负值的问题