加入抗衡例子后无法产生gro文件

Linrude · 发表于 Post on 2024-3-27 14:45:27

请教一下各位老师，我最近在用GROMACS(2020.6_GPU)模拟A分子和B分子的自组装，溶剂是DMSO，A和B分子的拓扑文件都是通过sobtop得到的，DMSO的拓扑文件通过antechamber得到，溶剂盒子通过NPT模拟得到。但是在使用指令：

gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p top.top -o em.tpr-maxwarn 1

产生了tpr文件，但是下一步使用指令：

gmx genion -s em.tpr -p top.top -o system.gro –neutral

并没有得到相应的system.gro文件。A、B分子的结构以及加抗衡离子后的提示如图所示，涉及到的文件已添加至附件，麻烦各位老师指点一下，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-28 01:18:43

antechamber根本没法产生GROMACS的拓扑文件。没有理由不也用sobtop产生DMSO的拓扑文件

OPLS-AA的ions.itp哪能跟GAFF力场混用，缺乏基本力场常识

–neutral的–必须写成-

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 加入抗衡例子后无法产生gro文件