一键绘制自由能台阶图的脚本

wsz · 发表于 Post on 2024-3-28 17:47:51

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写了一个绘制自由能台阶图的脚本，见附件，对于电催化反应，可以设定电压直接进行修正。

参数说明：
   delatG2G函数：将ΔG转换为G，默认初态能量为0，电压为0
         输入参数：delta_G：计算得到的ΔG
                        initialEnergy：初态能量
                        voltage：电压修正
   PlotFreeEnergy函数：绘制自由能台阶图
         输入参数：FreeEnergy：自由能
                                 color：颜色

使用方法：
   使用时直接将delta_G数据 (第40行) 替换为自己计算的数据即可，如果有多种催化剂进行对比，直接复制第40~42行，修改对应的值即可。
   最后记得将labels (第49行) 和legend (第54行) 修改为自己的反应路径和体系。

PlotFreeEnergy.py (1.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 140)

wsz · 发表于 Post on 2024-5-11 10:42:27

mywai520 发表于 2024-5-10 22:23
谢谢提供的脚本，这里有个问题想讨论一下，OER应该是H2O OH* O* OOH* O2。另外能否提供HER的脚本，谢谢！

不好意思，标签写反了，感谢指正。
HER就参考使用方法把对应的值替换一下即可，例如：

（1~37行，同上）
# HER1
delta_G1 = [-0.2, 0.2]
G1 = deltaG2G(delta_G1)
line1 = PlotFreeEnergy(G1, color='r')

# HER2
delta_G2 = [-0.1, 0.1]
G2 = deltaG2G(delta_G2)
line2 = PlotFreeEnergy(G2, color='b')

x = [2*i+0.5 for i in range(len(delta_G1)+1)]
print(x)
labels = ['*', r'*H', r'*']

plt.xlabel('Reaction Coordinate', fontsize=28)
plt.ylabel('Free Energy (eV)', fontsize=28)
plt.xticks(x, labels)
plt.legend([line1, line2], [r'HER1', r'HER2'], fontsize=24)

plt.show()
plt.savefig('Free energy diagram.png', dpi= 300, transparent=True)

mywai520 · 发表于 Post on 2024-5-10 22:23:16

谢谢提供的脚本，这里有个问题想讨论一下，OER应该是H2O OH* O* OOH* O2。另外能否提供HER的脚本，谢谢！

ddddnight · 发表于 Post on 2024-4-1 22:47:45

wsz 发表于 2024-4-1 10:07
需要带有matplotlib的Python3环境，直接装个Anaconda比较省事

好的，感谢！

wsz · 发表于 Post on 2024-4-1 10:07:40

ddddnight 发表于 2024-3-31 16:34
这个需要安装绘图程序吗

需要带有matplotlib的Python3环境，直接装个Anaconda比较省事

ddddnight · 发表于 Post on 2024-3-31 16:34:01

这个需要安装绘图程序吗

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[综合讨论] 一键绘制自由能台阶图的脚本

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